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26. 10. 13. 오후 1:19
"일본 법인 대표이사는 서울에 있고, 일본 법인 결재도 전부 한국 본사 시스템에서 합니다. 이러면 일본 법인이 한국 법인이 되나요?" 일본 진출 초기 기업에서 실제로 자주 나오는 질문입니다. 인력과 예산을 아끼려고 현지에는 실무자만 두고 경영은 본사가 맡는 구조가 많기 때문입니다.
결론부터 말하면, 국내법만 놓고 보면 두 나라 모두 그 법인을 자국 거주자로 볼 수 있고, 이 충돌을 정리하는 것이 한일 조세조약입니다. 다만 조약이 정리해 주는 범위와 정리해 주지 않는 범위가 다르므로, 경영 구조를 짤 때부터 기록을 남겨 두는 것이 중요합니다.
안내사항
본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 거래 구조, 소득 종류, 적용 연도 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.
이 글은 AI 도구의 도움을 받아 초안을 작성했습니다. 한일 조세조약 조문은 국가법령정보센터 조약 국문본과 일본 재무성이 공개한 MLI 통합본(Synthesised Text) 영문본을, MLI 적용 조항은 일본 재무성 "Application of the MLI to the Tax Treaty between Japan and Korea" 페이지를, 일본 법인세법 제2조는 e-Gov 법령 API를, 한국 「법인세법」 제2조는 국가법령정보센터 현행 본문을 대조했습니다(2026-10-13 조회). 실질적 관리장소의 구체적 판단 요소는 사실관계에 따라 달라지므로 단정하지 않았습니다.
한국 기준: 내국법인은 "본점, 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있는 법인"입니다(법인세법 제2조 제1호). 일본 본점 법인도 한국에서 실질적으로 관리되면 한국 내국법인이 될 수 있습니다.
일본 기준: 내국법인은 "국내에 본점 또는 주된 사무소를 가진 법인"입니다(일본 법인세법 제2조 제3호). 일본에 본점 등기를 한 자회사는 그 자체로 일본 내국법인입니다.
조약 해결: 한일 조세조약 제4조 제3항은 개인 외의 이중거주자를 본점 또는 주사무소가 소재하는 체약국만의 거주자로 봅니다. 일본 본점 자회사라면 조약상 일본 거주자입니다.
MLI 영향 없음: 한일 조약에 적용되는 MLI 조항은 제6조 제1항, 제7조 제1항, 제16조 제1항 첫 문장, 제17조 제1항뿐이어서, 이중거주 판정 조문(MLI 제4조)은 들어오지 않습니다.
남는 위험: 조약상 일본 거주자가 되어도 한국의 관리장소가 일본 기업의 한국 고정사업장(관리장소)으로 평가될 여지는 별도로 검토해야 합니다.
출발점은 두 나라의 내국법인 정의 차이입니다.
일본 법인세법 제2조 제3호는 내국법인을 "국내에 본점 또는 주된 사무소를 가진 법인", 제4호는 외국법인을 "내국법인 이외의 법인"으로 정합니다. 기준이 등기된 본점 위치라는 형식 요건 하나뿐입니다.
한국 법인세법 제2조 제1호는 내국법인을 "본점, 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있는 법인"으로 정의합니다. 제3호의 외국법인도 "사업의 실질적 관리장소가 국내에 있지 아니하는 경우만" 해당한다고 적습니다. 즉 한국은 형식(본점) 외에 실질(관리장소)도 봅니다.
그래서 이중거주는 한 방향으로만 생깁니다.
일본 본점 자회사가 한국에서 실질적으로 경영되는 경우: 일본은 본점 기준으로, 한국은 관리장소 기준으로 각각 내국법인으로 볼 수 있습니다.
반대로 한국 본점 법인이 일본에서 경영되더라도, 일본 정의에는 관리장소 기준이 없으므로 일본 내국법인이 되지는 않습니다. 이 경우 쟁점은 거주지가 아니라 일본 고정사업장 여부로 옮겨 갑니다.
한일 조세조약 제4조 제1항은 거주자를 "그 체약국의 법에 따라 주소·거소·본점 또는 주사무소의 소재지, 또는 이와 유사한 성질의 다른 기준에 따라 그 체약국에서 납세의무가 있는 인"으로 정의합니다. 한국의 실질적 관리장소 기준도 "유사한 성질의 다른 기준"으로 읽히므로, 두 나라 모두에서 거주자 요건을 충족할 수 있습니다.
이때 제4조 제3항이 결론을 냅니다. "개인외의 인이 양 체약국의 거주자로 되는 경우, 동 인은 그 본점 또는 주사무소가 소재하는 체약국만의 거주자로 본다." 개인에 대한 제2항처럼 항구적 주거·이해관계 중심지·국적을 차례로 보거나 상호합의로 넘기는 단계가 없습니다. 법인은 본점 소재지 한 가지 기준으로 바로 정리됩니다.
이 문구는 MLI 이후에도 그대로입니다. 일본 재무성 자료에 따르면 MLI는 일본에 2019년 1월 1일, 한국에 2020년 9월 1일 발효했지만 한일 조약에 적용되는 조항은 제6조 제1항(전문), 제7조 제1항(주요목적기준), 제16조 제1항 첫 문장(상호합의 신청), 제17조 제1항(대응조정)입니다. 이중거주 법인을 권한 있는 당국의 합의로 정하도록 바꾸는 MLI 제4조는 목록에 없습니다. 같은 이중거주 문제라도 조약마다 해결 방식이 다르다는 점은 한싱 조세조약을 다룬 싱가포르 편과 비교해 보면 분명해집니다.
조약상 일본 거주자로 정리되면, 그 법인의 사업이윤은 제7조 제1항에 따라 "그 기업이 타방체약국안에 소재하는 고정사업장을 통하여" 한국에서 사업을 하지 않는 한 일본에서만 과세됩니다. 한국 내국법인 정의에 걸리더라도 조약이 한국의 과세권을 제한하는 구조입니다.
여기서 놓치기 쉬운 지점이 있습니다. 제5조 제2항은 고정사업장의 예시로 "관리장소"를 첫 번째로 듭니다. 거주지 판정에서 이긴 일본 법인이라도, 한국에 실질적인 경영 거점이 있으면 그곳이 일본 기업의 한국 고정사업장으로 평가될 여지가 있고, 그렇다면 그 고정사업장에 귀속되는 이윤은 한국에서 과세될 수 있습니다. 즉 이중거주 문제는 조약으로 정리되지만, 한국에서 경영하는 사실 자체가 만드는 과세 연결고리는 남습니다.
배당 흐름도 거주지 판정에 따라 달라집니다. 일본 거주자인 자회사가 한국 모회사에 배당하면 제10조 제2항에 따라 일본이 원천지국으로 과세할 수 있고, 의결권 주식 25% 이상을 6월 동안 보유한 법인 주주는 5%, 그 밖에는 15%가 상한입니다. 거주지 판단이 흔들리면 이 세율 적용의 전제도 흔들립니다.
한일 조약 제25조의 상호합의 절차를 씁니다. MLI 제16조 제1항 첫 문장이 원래 첫 문장을 대체해, 이제 어느 체약국의 권한 있는 당국에도 사안을 제기할 수 있습니다. 제기 기한은 조약에 부합하지 않는 과세를 초래한 조치를 최초로 통보받은 날부터 3년 이내입니다. 일본 재무성 자료상 이 상호합의 조항은 2020년 9월 1일 이후 제기된 사안부터 적용됩니다.
다만 상호합의는 시간이 걸리고 결론이 보장되지 않습니다. 실무적으로는 처음부터 거주지 판단을 흔들지 않도록 사실관계를 관리하는 편이 비용이 적게 듭니다.
조약 제4조 제3항은 본점 기준이라 단순해 보이지만, 그 앞단에서 한국이 "실질적 관리장소가 한국"이라고 보는지, 그 뒤에서 "한국에 관리장소 고정사업장이 있다"고 보는지는 모두 사실 판단입니다. 다음 자료를 일상적으로 남겨 두는 것이 좋습니다.
본점 근거: 일본 법무국 등기상 본점 소재지, 정관
이사회·주주총회: 개최 장소, 참석자 소재지, 의사록(일본 현지 개최 또는 화상 참석 위치 기록)
결재 체계: 일본 법인의 계약 체결·예산 승인 권한자가 누구이며 어디서 결재하는지
인력: 일본 법인 대표이사·임원의 상주지, 한국 본사 겸직 여부
거주자증명: 일본 법인이 조약 혜택을 받을 때 제출하는 일본 측 거주자증명과, 한국 본사가 받는 한국 거주자증명의 정합성
| 구분 | 일본 | 한국 | 한일 조세조약 |
|---|---|---|---|
| 내국법인 기준 | 국내 본점·주된 사무소(법인세법 제2조 제3호) | 본점·주사무소·실질적 관리장소(법인세법 제2조 제1호) | 국내법상 납세의무 기준(제4조 제1항) |
| 이중거주 가능 경로 | 일본 본점이면 항상 일본 내국법인 | 일본 본점이라도 한국에서 관리되면 내국법인 가능 | 개인 외 이중거주자는 본점 소재지국만의 거주자(제4조 제3항) |
| MLI 변경 | — | — | MLI 제4조 미적용, 제6·7·16·17조만 적용 |
| 남는 쟁점 | — | 한국 관리장소의 고정사업장 해당 여부 | 고정사업장 예시 "관리장소"(제5조 제2항) |
| 분쟁 해결 | — | — | 상호합의, 최초 통보일부터 3년 이내(제25조, MLI 제16조) |
(가정) 한국 소프트웨어 기업 A사는 도쿄에 100% 자회사 A재팬을 세웠습니다. 등기상 본점은 도쿄이고, 현지에는 영업 직원 2명만 있습니다. A재팬 대표이사는 A사 CFO가 겸직하며 서울에 상주하고, 이사회는 서울 본사 회의실에서 열며, 주요 계약과 예산은 서울에서 결재합니다.
일본: 본점이 도쿄이므로 A재팬은 일본 내국법인입니다.
한국: 경영 판단이 서울에서 이뤄진다면 실질적 관리장소가 한국이라는 주장이 가능해, 한국 내국법인 정의에도 걸릴 수 있습니다.
조약: 제4조 제3항에 따라 A재팬은 본점 소재지인 일본만의 거주자로 봅니다.
남는 위험: 서울의 경영 거점이 A재팬의 한국 "관리장소" 고정사업장으로 평가되면, 그 귀속 이윤은 한국에서도 과세 논점이 됩니다.
A사가 이사회 일부를 도쿄에서 열고, 일본 현지 임원에게 일상 결재 권한을 위임하고, 그 기록을 남겼다면 두 쟁점 모두에서 방어 논리가 훨씬 단단해졌을 것입니다.
일본 자회사 설립 시 본점 등기 위치와 정관을 보관
일본 법인 대표이사·이사의 상주지와 겸직 여부 정리
이사회 개최 장소와 참석 위치를 의사록에 명시
일본 법인 계약·예산 결재 권한 위임 규정 마련
한국 본사의 지원 업무와 일본 법인의 경영 판단을 문서로 구분
조약에 맞지 않는 과세 통보를 받으면 3년 이내 상호합의 신청 검토
"어차피 조약상 본점 기준이니 괜찮다"고 생각하기 쉽지만, 한국에서 경영하는 사실은 고정사업장 논점으로 다시 돌아옵니다.
한일 조약의 법인 판정은 본점 기준이지만, 다른 나라 조약은 실질적 관리장소나 상호합의를 쓰기도 합니다. 일본 결론을 다른 진출국에 그대로 적용하면 안 됩니다.
대표이사 겸직은 비용 절감 효과가 크지만, 거주지·고정사업장 판단에서 가장 먼저 보는 사실입니다. 겸직하더라도 결재 위치와 권한 위임 기록을 남겨야 합니다.
한국 일본 법인 이중거주자 문제는 한일 조세조약 제4조 제3항 덕분에 "본점 소재지국"으로 비교적 명확하게 정리됩니다. 그러나 조약이 정리하는 것은 거주지 하나뿐이고, 서울에서 경영하는 사실은 고정사업장과 배당·이전가격 판단에 계속 영향을 줍니다. 구조를 설계할 때 "누가, 어디서, 무엇을 결정하는가"를 문서로 남기는 것이 가장 값싼 보험입니다.
창의회계법인은 일본 자회사의 이사회 운영 방식, 임원 겸직 구조, 결재 위임 규정을 검토해 한국 내국법인 판정과 한국 고정사업장 위험을 함께 점검해 드립니다. 이미 과세 통보를 받았다면 상호합의 신청 기한과 제출 자료부터 정리해 드립니다.
국가법령정보센터, 「대한민국과 일본국간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약」 제4조·제5조·제7조·제10조·제25조(발효일 1999. 11. 22) — https://www.law.go.kr/LSW/trtyInfoR.do?trtySeq=1127 (2026-10-13 조회)
일본 재무성, Synthesised Text of the MLI and the Convention between Japan and the Republic of Korea — https://www.mof.go.jp/tax_policy/summary/international/tax_convention/SynthesizedTextforJapan_Korea_EN.pdf (2026-10-13 조회)
일본 재무성, Application of the MLI to the Tax Treaty between Japan and Korea — https://www.mof.go.jp/english/policy/tax_policy/tax_conventions/mli_kor.htm (2026-10-13 조회)
e-Gov 법령 API, 일본 법인세법(昭和四十年法律第三十四号) 제2조 — https://laws.e-gov.go.jp/ (2026-10-13 조회)
국가법령정보센터, 「법인세법」 제2조 현행 본문 — https://www.law.go.kr/법령/법인세법 (2026-10-13 조회)
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