일본 자회사 중소법인 특례, 조특법 중소기업자 판정과 R&D 공제가 끊기는 모회사 지분 기준

"일본 자회사 자본금을 1억 엔 이하로 잡았고, 한국 본사도 100%가 아니라 60%만 가지니 중소기업 혜택은 다 받겠죠?" 합작 형태로 일본에 진출하는 기업에서 나오는 질문입니다. 답은 "법인세 경감세율은 남을 수 있어도, 조특법 혜택은 따로 판정해야 한다"입니다.

일본은 대기업이 자회사를 작게 만들어 특례를 받는 것을 막기 위해 제도마다 모회사 기준을 둡니다. 법인세법은 자본금 5억 엔 이상 법인의 100% 자회사를 빼지만, 조특법 중소기업자는 자본금 1억 엔 초과 법인이 2분의 1 이상 보유하기만 해도 뺍니다. 기준선이 훨씬 낮습니다.

안내사항

본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 거래 구조, 소득 종류, 적용 연도 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.

AI 활용 및 투명성 안내

이 글은 AI 도구의 도움을 받아 초안을 작성했습니다. 일본 조세특별조치법(昭和三十二年法律第二十六号) 제42조의3의2·제42조의4, 같은 법 시행령 제27조의4, 법인세법(昭和四十年法律第三十四号) 제57조·제66조는 일본 정부 법령 데이터베이스 e-Gov 법령 API 원문으로, 법인세 기본통달 16-5-1·16-5-2는 일본 국세청 게시 원문으로 확인했습니다(2026-10-13 조회). 시행령에 위임된 세부 계산(적용제외사업자 소득 조정 등)은 전부 옮기지 않았으므로 실제 적용 전 개별 확인이 필요합니다.

핵심 요약

• 중소기업자 기본선: 자본금 1억 엔 이하 법인이 출발점이지만, 시행령 제27조의4 제17항이 열거한 법인은 빠집니다.

• 지분 기준 ①: 발행주식의 2분의 1 이상을 같은 대규모법인 하나가 보유하면 제외됩니다.

• 지분 기준 ②: 대규모법인들이 합계 3분의 2 이상 보유해도 제외됩니다.

• 대규모법인: 자본금 1억 엔 초과 법인, 그리고 자본금 5억 엔 이상 법인(대법인)과 완전지배관계가 있는 보통법인 등입니다. 중소기업투자육성주식회사는 빠집니다.

• 적용제외사업자: 직전 3년 이내 종료 사업연도의 연평균 소득이 15억 엔 초과인 법인입니다. 설립 후 3년 미경과 등은 계산을 조정합니다(제42조의4 제19항 제8호).

• R&D 세액공제: 중소기업자(적용제외사업자 제외)로서 청색신고 법인은 시험연구비의 12%를 조정 전 법인세액의 25% 한도로 공제합니다(제42조의4 제4항).

Q&A

Q1. 일본 자회사 중소법인 특례, 조특법 "중소기업자"는 법인세법 중소법인과 무엇이 다른가요?

조특법 제42조의4 제19항 제7호는 중소기업자를 "중소기업자에 해당하는 법인으로서 정령으로 정하는 것"이라고만 두고, 시행령 제27조의4 제17항이 내용을 정합니다. 출발점은 자본금 1억 엔 이하 법인이지만 다음 법인은 제외됩니다.

• 발행주식(자기주식 제외)의 2분의 1 이상이 같은 대규모법인 하나의 소유인 법인

• 그 밖에 발행주식의 3분의 2 이상이 대규모법인들의 소유인 법인

법인세법 제66조 제5항은 "자본금 5억 엔 이상 법인에 의한 100% 지배"를 기준으로 경감세율을 막습니다. 조특법은 1억 엔 초과·50%로 기준이 낮아, 법인세 경감세율은 받으면서 조특법 중소기업자에서는 빠지는 자회사가 생깁니다.

Q2. 한국 모회사 지분 50%·3분의 2 기준, 대규모법인은 어떻게 판정하나요?

시행령 제27조의4 제17항 제1호 괄호는 대규모법인을 다음처럼 정합니다.

• 자본금 또는 출자금이 1억 엔을 초과하는 법인

• 자본이 없는 법인 중 상시 종업원이 1,000명을 넘는 법인

• 대법인(자본금 5억 엔 이상 법인 등)과의 사이에 그 대법인에 의한 완전지배관계가 있는 보통법인

단, 중소기업투자육성주식회사는 대규모법인에서 뺍니다. 세 번째 항목이 중요합니다. 한국 대기업이 자본금이 작은 중간 지주회사를 100% 지배하고 그 중간회사가 일본 자회사 지분 절반 이상을 갖는 구조라면, 중간회사 자본금이 1억 엔 이하여도 대규모법인으로 볼 여지가 있습니다.

조문은 "법인"이라고만 쓰고 내국법인으로 좁히지 않으므로 한국 모회사도 판정 대상이 됩니다. 다만 외국 모회사 자본금의 엔 환산 방법은 이 조문에 따로 적혀 있지 않습니다. 법인세법 제66조의 대법인 판정에 대해서는 국세청 기본통달 16-5-2가 자회사 사업연도 종료일의 전신매매상장 중간값(TTM)으로 환산한다고 밝히지만, 이를 조특법 대규모법인에도 그대로 쓸지는 개별 확인이 필요합니다.

Q3. 적용제외사업자, 3년 평균 소득 15억 엔 기준은 어떻게 보나요?

제42조의4 제19항 제8호는 해당 사업연도 개시일 전 3년 이내에 종료한 각 사업연도(기준연도)의 소득 합계를 기준연도 월수 합계로 나누고 12를 곱한 금액이 15억 엔을 넘는 법인을 적용제외사업자로 정합니다. 설립 후 3년이 지나지 않은 경우, 합병·분할·현물출자가 있었던 경우 등은 정령에 따라 계산을 조정합니다(시행령 제27조의4 제18항).

적용제외사업자는 중소기업자이더라도 제4항의 중소기업자 R&D 공제 대상에서 빠지고, 법인세 경감세율 특례(제42조의3의2)에서도 빠집니다. 고수익 자회사라면 지분 구조와 무관하게 이 기준을 매년 점검해야 합니다.

Q4. 일본 중소기업자 R&D 세액공제 12%, 어떤 조건에서 받나요?

제42조의4 제4항은 중소기업자(적용제외사업자 등 제외) 또는 농업협동조합등으로서 청색신고서를 제출하는 법인을 "중소기업자등"이라 하고, 시험연구비가 있으면 조정 전 법인세액에서 시험연구비의 100분의 12를 공제하게 합니다. 공제액은 조정 전 법인세액의 100분의 25를 넘을 수 없습니다. 같은 사업연도에 제1항(일반 시험연구비 공제)을 적용받으면 제4항은 쓰지 않습니다.

따라서 중소기업자에서 빠진 자회사는 제1항의 일반 공제 쪽으로 판단해야 하고, 공제율 산정 방식이 달라집니다. 사업계획의 R&D 세후 효과를 계산할 때 어느 항을 전제로 했는지 확인해야 합니다.

Q5. 법인세법상 경감세율·결손금 특례와는 어떻게 연결되나요?

조특법 제42조의3의2는 平成24년 4월 1일부터 令和9년 3월 31일까지 개시하는 사업연도에 법인세법 제66조 제2항의 19%를 15%로 낮추되, 제66조 제5항 각 호의 법인과 적용제외사업자는 대상에서 뺍니다. 결손금 공제 한도(소득의 50%)를 소득 전체로 넓히는 법인세법 제57조 제11항도 제66조 제5항 제2호·제3호 법인을 제외합니다. 이 두 특례는 자본금 5억 엔 이상 법인의 100% 자회사인지가 기준이고, 그 내용은 기존 글 「일본 법인 자본금 세금, 1억 엔·1천만 엔 기준으로 달라지는 법인세·소비세·사업세」에서 정리했습니다. 이 글의 핵심은 그보다 낮은 조특법 기준이 별도로 작동한다는 점입니다.

가정 사례

(가정) 한국 소프트웨어 기업 A사(자본금을 엔화로 환산하면 1억 엔 초과, 5억 엔 미만)가 일본 파트너 C사(자본금 3천만 엔)와 함께 일본에 B주식회사를 세웁니다. B사 자본금은 5천만 엔이고 A사 60%, C사 40%를 보유합니다. B사는 첫해부터 현지 개발팀을 두고 시험연구비를 씁니다.

• 법인세 경감세율: A사는 대법인(5억 엔 이상)이 아니고 지분도 100%가 아니므로 법인세법 제66조 제5항에는 걸리지 않습니다. 적용제외사업자가 아니라면 800만 엔 이하 소득에 조특법 경감세율을 검토할 수 있습니다.

• 조특법 중소기업자: A사는 자본금 1억 엔 초과인 대규모법인이고 B사 지분 2분의 1 이상을 보유하므로 B사는 중소기업자가 아닙니다. 제4항의 12% 공제 대신 제1항 일반 공제로 판단해야 합니다.

• 지분을 49%로 낮추면: 같은 대규모법인 1/2 기준은 피하지만, C사가 대규모법인이 아니어서 대규모법인 합계가 3분의 2 미만이라면 중소기업자 판정이 가능해집니다. C사가 대기업 계열이면 합계 기준으로 다시 걸릴 수 있습니다.

같은 일본 자회사라도 어느 제도를 보느냐에 따라 한국 모회사의 지분율이 다른 결과를 냅니다.

실무 체크포인트

1. 한국 모회사(중간 지주회사 포함)의 자본금이 엔 환산 1억 엔 초과인지 확인

2. 같은 대규모법인 하나의 보유 비율이 2분의 1 이상인지 확인

3. 현지 파트너·VC 등 다른 대규모법인과 합친 비율이 3분의 2 이상인지 확인

4. 중간 지주회사가 대법인의 100% 자회사라 대규모법인으로 보이는지 확인

5. 직전 3년 평균 소득 15억 엔 초과(적용제외사업자) 여부 연간 점검

6. 청색신고 승인 여부와 R&D 공제를 제1항·제4항 중 어느 쪽으로 계산했는지 확인

7. 합작 지분 협상 때 조특법 판정 결과를 사업계획에 반영

대표님/CFO가 특히 주의할 부분

• "지분 100%가 아니니 중소기업"은 법인세 경감세율에서만 통할 수 있습니다. 조특법은 50%만 넘어도 끊깁니다.

• 증자·지분 이전으로 한국 본사 지분이 절반을 넘는 순간 일본 자회사의 R&D 공제 방식이 바뀔 수 있습니다.

• 합작 파트너가 대기업 계열이면 3분의 2 합계 기준에 같이 걸릴 수 있습니다.

• 외국 모회사 자본금 환산 방법은 조특법 조문에 명시돼 있지 않으므로 현지 세무대리인과 기준을 먼저 맞춰 두세요.

결론 및 전문가 Tip

일본 자회사의 중소기업 혜택은 한 번의 판정으로 끝나지 않습니다. 법인세법은 5억 엔·100%, 조특법 중소기업자는 1억 엔·50%(합계 3분의 2), 적용제외사업자는 3년 평균 소득 15억 엔을 봅니다. 진출 전에는 ① 모회사·중간회사의 엔 환산 자본금, ② 주주별 지분율, ③ 받고 싶은 조특법 특례를 한 표로 대입해 보세요. R&D 비중이 큰 사업이라면 지분 설계 단계에서 중소기업자 판정을 먼저 확인하는 것이 순서입니다.

창의회계법인 서비스 안내

창의회계법인은 일본 합작·자회사 설립 전에 주주 구성안별로 조특법 중소기업자, 적용제외사업자, 법인세 경감세율 판정을 한 표로 정리해 드립니다. 지분 변동이나 그룹 재편으로 일본 자회사의 R&D 세액공제 방식이 바뀌는지도 사업연도별로 함께 점검합니다.

참고 출처 요약

• 일본 e-Gov 법령 API, 租税特別措置法 제42조의3의2·제42조의4 — https://laws.e-gov.go.jp/api/1/articles;lawNum=昭和三十二年法律第二十六号;article=42_4 (2026-10-13 조회)

• 일본 e-Gov 법령 API, 租税特別措置法施行令 제27조의4 제17항·제18항 — https://laws.e-gov.go.jp/api/1/articles;lawNum=昭和三十二年政令第四十三号;article=27_4 (2026-10-13 조회)

• 일본 e-Gov 법령 API, 法人税法 제57조·제66조 — https://laws.e-gov.go.jp/api/1/articles;lawNum=昭和四十年法律第三十四号;article=66 (2026-10-13 조회)

• 일본 국세청, 法人税基本通達 第16章第5節 16-5-2 — https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/hojin/16/16_05.htm (2026-10-13 조회)

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