스타트업 전문 창의회계법인 /
26. 10. 14. 오후 12:31
"주주 전원이 같은 비율로 미국 법인 주식을 받는데, 세금 안내문도 하나로 만들면 되지 않나요?" 플립 일정표를 짜는 재무담당자가 자주 하는 질문입니다. 하지만 주주명부를 펼치면 창업자 개인, 엔젤 투자자, 벤처캐피탈 법인, 해외에 사는 공동창업자가 섞여 있습니다.
세법은 "무엇을 팔았는가"보다 "누가 팔았는가"로 세목을 나눕니다. 그래서 같은 교환이 어떤 주주에게는 반기 단위 예정신고 의무가 되고, 어떤 주주에게는 연말 법인세 신고의 한 줄이 되며, 해외 주주에게는 원천징수 또는 본인 신고·납부와 조약 서류 문제가 됩니다. 주주 유형별 지도를 먼저 그려 두면 주주 설득과 클로징 이후 신고가 훨씬 수월해집니다.
안내사항
본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 거래 구조, 소득 종류, 적용 연도 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.
이 글은 AI 도구의 도움을 받아 초안을 작성했습니다. 국내 규정은 국가법령정보센터의 「소득세법」 제88조·제104조·제105조·제119조·제126조의2·제156조, 「법인세법」 제15조·제55조·제93조·제98조·제98조의2, 「증권거래세법」 제1조의2·제3조·제8조, 「조세특례제한법」 제38조 현행 본문과, 한미 조세조약 조문은 미국 국세청(IRS)이 공개한 1976년 조약 원문과 대조했습니다(2026-10-14 조회). 대주주 판정 기준처럼 시행령에 위임된 수치는 본문에서 단정하지 않았습니다.
개인 거주자: 교환도 「소득세법」상 "양도"이므로 양도소득세 대상입니다. 대주주 여부·중소기업 여부·보유기간에 따라 10%·20%·25%·30% 세율이 갈리고, 양도일이 속하는 반기 말일부터 2개월 안에 예정신고합니다.
법인 주주(내국법인): 별도 양도세 없이 처분이익이 각 사업연도 소득에 들어가 법인세율(10%·20%·22%·25% 누진)로 과세됩니다.
비거주 개인·외국법인 주주: 한국 법인 주식 양도소득은 국내원천소득이며, 세액은 지급금액의 10%와 양도차익의 20% 중 적은 금액이 기준입니다. 양수인이 국내사업장 없는 미국 모회사라면 원천징수 대신 주주 본인이 지급받은 달의 다음다음 달 10일까지 신고·납부하는 것이 원칙입니다. 미국 거주자라면 한미 조약 제16조로 한국 과세가 면제될 수 있습니다.
증권거래세: 세율 1만분의 35. 국내사업장 없는 해외 주주가 증권사를 거치지 않고 넘기면 양수인(플립에서는 미국 모회사)이 납세의무자가 됩니다.
과세이연: 조특법 제38조는 "내국법인 간" 주식의 포괄적 교환에 적용되므로, 개인·법인 주주 모두 미국 법인과의 교환에는 이 특례를 기대하기 어렵습니다.
출발점은 "교환도 양도"라는 점입니다. 「소득세법」 제88조 제1호는 매도뿐 아니라 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 양도로 정의합니다. 플립에서 한국 법인 주식을 내주고 미국 모회사 주식을 받는 것은 현금이 오가지 않아도 양도에 해당할 수 있습니다.
그다음은 주주가 누구냐에 따라 갈립니다.
개인 거주자: 소득세 중 양도소득세. 다른 소득과 분리해 주식 양도분만 따로 계산합니다.
내국법인 주주: 「법인세법」 제15조는 익금을 "순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입"으로 정합니다. 주식을 넘기고 받은 미국 법인 주식의 가치가 장부가액보다 크면 그 차이가 익금이 되어 법인세 과세표준에 들어갑니다.
비거주 개인: 「소득세법」 제119조 제11호의 국내원천 유가증권양도소득(내국법인이 발행한 주식의 양도소득)
외국법인: 「법인세법」 제93조 제9호의 국내원천 유가증권양도소득
개인 거주자는 「소득세법」 제104조 제1항 제11호의 주식 세율을 씁니다.
| 구분 | 세율 |
|---|---|
| 대주주, 중소기업 외 법인 주식 1년 미만 보유 | 30% |
| 대주주, 그 밖의 주식 | 과세표준 3억원 이하 20%, 초과분 25% |
| 대주주가 아닌 자, 중소기업 주식 | 10% |
| 대주주가 아닌 자, 그 밖의 주식 | 20% |
대주주는 소유주식 비율·시가총액 등을 고려해 대통령령으로 정하므로, 창업자뿐 아니라 초기 엔젤도 해당 여부를 따로 확인해야 합니다(개인 주주의 양도가액 산정은 플립 양도소득세 글 참고). 신고는 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 안에 하는 예정신고이며(제105조 제1항 제2호), 양도차익이 없거나 손실이 나도 예정신고 의무는 남습니다(같은 조 제3항).
내국법인 주주는 처분이익이 그 사업연도의 다른 손익과 합쳐져 과세표준이 됩니다. 「법인세법」 제55조의 일반 내국법인 세율은 과세표준 2억원 이하 10%, 200억원 이하 20%, 3천억원 이하 22%, 초과분 25%입니다. 같은 해 다른 사업에서 손실이 났다면 그만큼 세부담이 줄어드는 반면, 미국 모회사 주식을 계속 들고 있어도 현금 없이 세금이 나온다는 점은 개인과 같습니다.
해외에 사는 공동창업자나 해외 투자 법인이 한국 법인 주식을 넘기면 한국 국내원천소득입니다. 세액 기준은 원천징수 조문이 정합니다.
비거주 개인: 「소득세법」 제156조 제1항 제7호
외국법인: 「법인세법」 제98조 제1항 제7호
금액: 지급금액의 10%. 취득가액과 양도비용이 확인되면 지급금액의 10%와 양도차익의 20% 중 적은 금액
누가 내느냐는 양수인에 따라 갈립니다. 국내에 본점·국내사업장 등이 있는 자가 대가를 지급하면 그 지급자가 원천징수합니다(국외에서 지급해도 같음, 「소득세법」 제156조 제3항). 반면 플립처럼 국내사업장이 없는 미국 모회사가 주식을 양수하면, 국내사업장 없는 비거주자·외국법인 주주가 같은 비율로 계산한 금액을 지급받은 날이 속하는 달의 다음다음 달 10일까지 직접 신고·납부해야 합니다(「소득세법」 제126조의2 제3항, 「법인세법」 제98조의2 제3항). 지급자가 이미 원천징수해 납부했다면 이 의무는 없습니다.
그런데 조약이 있으면 결론이 달라집니다. 한미 조세조약 제16조 제1항은 한 체약국 거주자가 자본자산을 매각·교환 등으로 처분해 얻은 이익을 상대국이 면제하도록 정하고, 예외로 ① 부동산(제15조) 관련 재산, ② 상대국 고정사업장과 실질적으로 관련된 재산, ③ 개인이 그 과세연도에 상대국에 고정시설을 183일 이상 두거나 183일 이상 체재한 경우를 둡니다. 미국 거주 주주라면 이 예외에 걸리지 않는 한 한국 과세가 면제될 수 있습니다.
다만 "조약상 면제"가 저절로 처리되지는 않습니다. 원천징수든 본인 신고든 면제를 적용하려면 주주의 거주자 증명 등 서류가 필요하므로, 해외 주주 명단과 거주지국을 클로징 전에 확정해야 합니다. 한국 법인의 자산 중 부동산 비중이 50% 이상인 비상장 법인 주식은 「법인세법」 제93조 제7호·「소득세법」 제119조 제9호의 부동산주식등으로 따로 분류된다는 점도 확인하십시오.
「증권거래세법」은 계약상·법률상 원인으로 유상으로 소유권이 이전되는 것을 양도로 보고(제1조의2 제3항), 세율을 1만분의 35로 정합니다(제8조 제1항). 플립 주식교환도 과세 여부를 같은 기준으로 검토합니다.
납세의무자는 원칙적으로 양도자입니다(제3조 제3호). 그런데 국내사업장이 없는 비거주자나 외국법인이 금융투자업자를 통하지 않고 주권을 양도하면 양수인이 납세의무자가 됩니다. 플립에서 양수인은 미국 모회사이므로, 해외 주주분 증권거래세 신고·납부를 미국 모회사가 챙겨야 하는 구조가 생길 수 있습니다. 클로징 체크리스트에 "누가 신고하는가"를 주주별로 적어 두는 이유입니다.
주주 유형 비교에서 눈여겨볼 점은 「조세특례제한법」 제38조가 양도소득세 또는 법인세를 함께 이연해 주는 특례라서, 적용되면 개인·법인 주주가 같은 혜택을 받고 적용되지 않으면 둘 다 못 받는다는 것입니다. 요건은 "1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등"과 교환대가 중 완전모회사 주식 80% 이상입니다. 미국 델라웨어 법인은 내국법인이 아니므로 일반적인 플립 구조에서는 어느 유형의 주주도 이 조문으로 과세이연을 기대하기 어렵습니다. 비거주 주주는 애초에 한국 특례보다 조약 면제 여부가 더 중요한 변수입니다. 개인 주주의 양도가액 산정과 납부 재원 문제는 같은 날 발행된 플립 양도소득세 글에서 자세히 다룹니다.
| 주주 유형 | 세목·근거 | 세율·금액 | 신고·납부 주체 | 조약 영향 |
|---|---|---|---|---|
| 개인 거주자 | 양도소득세(소득세법 제88조·제104조) | 10%·20%·25%·30% | 본인, 반기 말일부터 2개월 예정신고 | 해당 없음 |
| 내국법인 주주 | 법인세(법인세법 제15조·제55조) | 10%·20%·22%·25% 누진 | 본인, 사업연도 법인세 신고 | 해당 없음 |
| 비거주 개인 | 국내원천 유가증권양도소득(소득세법 제119조⑪) | 지급액 10%와 차익 20% 중 적은 금액 | 국내 지급자 원천징수(제156조), 국내사업장 없는 외국 양수인이면 본인 신고·납부(제126조의2③) | 한미 조약 제16조 면제 가능 |
| 외국법인 | 국내원천 유가증권양도소득(법인세법 제93조⑨) | 지급액 10%와 차익 20% 중 적은 금액 | 국내 지급자 원천징수(제98조), 국내사업장 없는 외국 양수인이면 본인 신고·납부(제98조의2③) | 거주지국 조약 확인 |
| 공통 | 증권거래세(1만분의 35) | 양도가액 기준 | 양도자, 해외 주주는 양수인 | — |
(가정) 한국 스타트업 A사가 미국 델라웨어 모회사 A Inc.로 플립합니다. 주주는 ① 창업자(개인 거주자, 대주주, 중소기업 주식 장기 보유), ② 국내 VC 법인, ③ 미국 거주 공동창업자(한국 체재 183일 미만)입니다.
창업자: 교환으로 인정된 양도차익(과세표준)이 30억원이라고 가정하면, 대주주 세율표에 따라 6천만원 + (27억원 × 25%) = 7억3,500만원의 양도소득세가 계산됩니다. 미국 주식만 받았으므로 납부 재원을 따로 마련해야 하고, 반기 말일부터 2개월 안에 예정신고합니다.
VC 법인: 처분이익 10억원이 그해 법인세 과세표준에 더해집니다. 같은 사업연도에 다른 투자에서 처분손실이 있으면 합산 결과에 따라 실제 부담이 달라집니다.
미국 거주 공동창업자: 국내원천 유가증권양도소득이지만, 한미 조약 제16조 예외에 해당하지 않으면 한국 과세가 면제될 수 있습니다. 양수인 A Inc.는 국내사업장이 없으므로, 면제 요건을 갖추지 못하면 공동창업자 본인이 10%와 20% 기준 금액을 다음다음 달 10일까지 신고·납부해야 합니다. 반면 증권거래세 납세의무는 양수인인 A Inc.에 생길 수 있습니다.
세 사람은 같은 교환비율로 같은 날 주식을 넘겼지만, 신고 시기·신고 주체·세율이 모두 다릅니다.
주주명부를 개인 거주자·내국법인·비거주 개인·외국법인으로 분류
개인 주주별 대주주 해당 여부와 중소기업 주식 여부 확인
개인 주주에게 반기 말일 기준 예정신고 기한과 예상 세액 안내
법인 주주에게 처분이익 인식 사업연도와 장부가액 확인 요청
비거주 주주의 거주지국·조약·체재일수와 면제 서류를 클로징 전에 수집
해외 주주분 양도소득 신고·납부(본인 또는 원천징수)와 증권거래세(미국 모회사)의 주체 지정
조특법 제38조 과세이연을 전제로 한 자금 계획이 있다면 즉시 재검토
현금 없는 과세: 개인·법인 주주 모두 미국 주식만 받고 세금은 원화로 냅니다. 창업자 세금 재원 마련 방안(대출·일부 현금 대가 등)을 플립 설계 단계에서 함께 봐야 합니다.
해외 주주는 회사 일이 됩니다: 해외 주주분 증권거래세는 양수인인 미국 모회사의 의무가 될 수 있고, 해외 주주의 양도소득 신고도 회사가 일정을 알려 주지 않으면 놓치기 쉽습니다. 국내 법인이 대가를 지급하는 구조라면 원천징수 누락 책임도 회사에 생깁니다.
한 장짜리 안내문의 함정: 주주 유형별로 세목과 기한이 다르므로 공통 안내문 하나로는 부족합니다. 회사는 정보 제공까지만 하고, 개별 신고는 주주 각자의 세무대리인과 진행하도록 선을 긋는 것이 안전합니다.
플립의 세금은 회사가 아니라 주주 한 명 한 명에게 떨어집니다. 그래서 플립 준비의 첫 단계는 교환비율 계산이 아니라 주주명부를 세법 기준으로 다시 분류하는 일입니다. 개인 거주자는 반기 예정신고, 법인 주주는 연간 법인세, 비거주 주주는 신고·납부(또는 원천징수)와 조약 서류라는 세 갈래를 표로 만들어 두고, 해외 주주분은 미국 모회사의 의무까지 포함해 클로징 체크리스트에 올려 두시길 권합니다.
창의회계법인은 플립을 준비하는 기업의 주주명부를 개인·법인·비거주 주주로 분류해 주주별 예상 세액과 신고 기한표를 만들고, 해외 주주의 조약 적용 서류와 양도소득 신고·증권거래세 납부 주체까지 클로징 일정에 맞춰 정리해 드립니다.
국가법령정보센터, 「소득세법」 제88조·제104조·제105조(2026.1.1 시행본) — https://www.law.go.kr/법령/소득세법 (2026-10-06 수집본, 2026-10-14 재확인)
국가법령정보센터, 「소득세법」 제119조·제126조의2·제156조, 「법인세법」 제15조·제55조·제93조·제98조·제98조의2, 「증권거래세법」 제3조 현행 본문 — https://www.law.go.kr (2026-10-14 조회)
국가법령정보센터, 「증권거래세법」 제1조의2·제8조, 「조세특례제한법」 제38조 — https://www.law.go.kr (2026-10-06 수집본)
미국 IRS, Korea Income Tax Treaty(1976) 제16조 — https://www.irs.gov/pub/irs-trty/korea.pdf (2026-10-14 확인)
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