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일본 주주 변경 결손금, 지분 50％ 초과 인수 후 5년 안에 공제가 끊기는 경우
한국·일본 법인세 비교 · 국가 간 세금 비교
스타트업 전문 창의회계법인 /
1일 전
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1일 전
"일본에 적자가 쌓인 회사를 인수해서 우리 사업을 얹으면, 그 적자로 세금을 줄일 수 있지 않을까요?" 일본 진출 방식을 고민하는 대표님께 자주 듣는 질문입니다. 반대로 "일본 자회사를 둔 우리 회사가 투자를 받거나 인수되면, 일본 자회사 결손금은 어떻게 되나요?"라는 질문도 있습니다.
일본은 주주가 바뀌었다는 사실만으로 결손금을 없애지 않습니다. 대신 지배권 이전 + 일정 기간 안의 특정 행동이 함께 일어날 때 공제를 막습니다. 그래서 인수 계약서를 쓰기 전에 인수 후 5년 동안의 사업 계획을 함께 점검해야 합니다.
안내사항
본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 거래 구조, 소득 종류, 적용 연도 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.
이 글은 AI 도구의 도움을 받아 초안을 작성했습니다. 일본 규정은 일본 정부 법령검색(e-Gov 法令API)의 「法人税法」 제57조·제57조의2와 「法人税法施行令」 제113조의3 현행 본문을, 한국 규정은 국가법령정보센터의 「법인세법」 제13조·제44조의3·제45조·제50조의2·제113조 현행 본문을 대조했습니다(2026-10-16 조회). 일본 조문 중 정령·성령에 위임된 세부 기준은 본문에 인용한 범위만 다루었고, 가정 사례의 지분율과 금액은 설명용 예시입니다.
일본 대상: 다른 자가 발행주식의 50%를 초과해 직접 또는 간접으로 보유하는 관계(특정지배관계)가 생긴 법인 가운데, 그 시점에 과거 결손금이나 평가손 자산을 가진 법인(欠損等法人)입니다.
일본 차단 조건: 지배일 이후 5년이 되기 전에 ① 휴면 법인의 사업 개시, ② 기존 사업 전부 폐지 + 기존 규모의 대략 5배를 넘는 자금 유입, ③ 임원 전원 퇴임 + 종업원 대략 20% 이상 이탈 + 새 사업 규모 5배 초과 등의 사유가 생기면, 그 사업연도부터 이전 결손금을 공제하지 않습니다.
일본 예외: 지배 측과 대상 법인이 같은 자의 지배 아래 있는 관계(동일자 지배관계)는 특정지배관계에서 빠집니다.
한국: 법인세법 제13조의 이월결손금 요건에 주주 변동 조건이 없습니다. 제한은 합병(제45조)·사업양수(제50조의2) 단계에서 걸립니다.
일본 법인세법 제57조의2가 보는 출발점은 특정지배관계입니다. 조문은 이를 "다른 자가 그 법인의 발행주식(자기주식 제외) 총수의 100분의 50을 초과하는 주식을 직접 또는 간접으로 보유하는 관계 등"으로 정의합니다.
거래 유형별로 보면 다음과 같습니다.
지분 인수(구주 매입): 한국 본사가 일본 결손법인 주식을 50% 넘게 사들이면 그날이 지배일이 됩니다.
신주 발행 투자유치: 새 투자자 한 곳이 50%를 넘게 되면 마찬가지입니다. 여러 투자자가 나눠 들어와 누구도 50%를 넘지 않으면 이 조문의 출발점에 서지 않습니다.
간접 보유 변화: 조문이 "직접 또는 간접"을 함께 적고 있어, 일본 자회사를 가진 한국 모회사가 인수될 때도 검토 대상이 될 수 있습니다.
반대로 시행령 제113조의3은 같은 자가 양쪽을 지배하는 관계(동일자 지배관계)에서 생기는 지배관계를 제외합니다. 같은 그룹 안에서 일본 자회사를 다른 계열사 아래로 옮기는 재편이 대표적입니다. 또 회생 관련 채무처리계획에 따른 주식 발행·양도 등도 제외 사유로 열거돼 있습니다.
또 하나 중요한 조건은 지배일이 속하는 사업연도에 그 이전 사업연도의 결손금(또는 평가손 자산)이 있어야 한다는 점입니다. 처음부터 한국 본사가 100% 출자해 세운 신설 자회사는 설립 시점에 과거 결손금이 없으므로 이 조문의 대상 법인이 되지 않습니다. 문제는 결손금이 쌓인 뒤 지배권이 바뀌는 경우입니다.
지배일부터 5년을 경과하는 날의 전날까지 아래 사유 중 하나가 생기면, 그 사유가 생긴 날이 속하는 사업연도(적용사업연도) 이후에는 그 전 사업연도에 생긴 결손금에 제57조 제1항(이월공제)을 적용하지 않습니다. 일부 감액이 아니라 이전 결손금 전부가 대상입니다.
| 호 | 사유 | 한국 기업이 마주칠 장면 |
|---|---|---|
| 제1호 | 지배일 직전 사업을 하지 않던 법인(청산 중 포함)이 지배일 이후 사업 개시 | 휴면 법인을 사서 일본 사업 법인으로 쓰는 경우 |
| 제2호 | 기존 사업 전부를 폐지(또는 폐지 예정)하고, 기존 사업 규모의 대략 5배를 넘는 차입·출자 등 자금 유입 | 인수 후 기존 사업을 접고 증자로 새 사업을 시작 |
| 제3호 | 지배 측 등이 제3자로부터 결손법인 채권(특정채권)을 취득한 상태에서 5배 초과 자금 유입 | 채권을 싸게 사서 지배하는 구조 |
| 제4호 | 제1호·제2호 상황 등에서 결손법인이 피합병법인으로 적격합병되거나 잔여재산 확정 | 인수 후 바로 흡수합병 |
| 제5호 | 지배에 기인해 사장 등 임원 전원 퇴임 + 종업원 대략 20% 이상 이탈 + 기존 인력이 종사하지 않는 사업 규모가 기존 사업의 대략 5배 초과 | 경영진·인력을 통째로 교체하고 사업을 키움 |
5년 기간은 지배관계가 해소되거나 법령상 채무면제 등 일정 사실이 생기면 그날까지로 짧아집니다. 제6호는 이에 준하는 사유를 정령에 위임하고 있습니다.
시행령 제113조의3은 사업 규모를 사업 유형별로 정합니다. 자산 양도가 주된 사업은 매출금액 등 수익 합계, 자산 대여는 대여 수입, 용역 제공은 용역 수입을 봅니다. 기존 사업의 규모는 지배일 1년 전부터 지배일까지의 기간(支配日直前期間) 또는 지배일 직전 사업연도를 기준으로 셉니다.
실무에서 놓치기 쉬운 점은 두 가지입니다.
채무 상환용 자금은 제외됩니다. 받아들인 자금의 대략 전부가 결손법인의 채무 변제에 쓰이는 것이 명백하면 5배 판정의 자금 유입에 넣지 않습니다.
임원 범위가 넓습니다. 제5호의 "사장 등"에는 부사장, 대표이사, 대표집행역, 전무·상무이사 등 경영에 종사하는 사람이 포함됩니다.
즉, 결손금을 지키려면 인수 후 증자 규모와 경영진 교체 계획을 숫자로 관리해야 합니다.
같은 거래를 한국 법인의 결손금에 대입해 보면 차이가 분명합니다.
지분 인수·신주 발행: 한국 법인세법 제13조 제1항 제1호는 이월결손금 공제 요건으로 "15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것"과 신고·결정·경정·수정신고된 결손금일 것만 정합니다. 주주 변동이나 사업 전환은 요건에 없습니다. 일본의 제57조의2에 해당하는 일반적인 지배권 변경 제한은 한국 법인세법 본문에서 찾을 수 없습니다.
합병: 한국은 여기서 제한합니다. 합병법인의 기존 결손금은 피합병법인에서 승계한 사업의 소득에서 공제하지 못하고(제45조 제1항), 승계한 피합병법인 결손금은 승계 사업 소득 범위에서만 공제합니다(제45조 제2항). 한도는 각 소득의 80%(중소기업 등은 100%)입니다(제45조 제5항). 합병법인은 결손금 공제 기간 동안 승계 사업과 기존 사업을 구분경리해야 합니다(제113조 제3항, 중소기업 간·동일사업 법인 간 합병은 예외).
사업양수: 다른 내국법인의 사업을 양수하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 양수 법인의 기존 결손금을 양수한 사업부문 소득에서 공제하지 않습니다(제50조의2).
일본도 합병 단계 제한이 따로 있습니다: 일본 제57조 제3항은 적격합병으로 넘어오는 피합병법인 결손금에 대해, 공동사업 합병 요건을 충족하거나 합병 사업연도 개시일의 5년 전(또는 설립일)부터 계속 지배관계가 있는 경우가 아니면 지배관계 성립 전 결손금 등을 인계 대상에서 뺍니다. 정리하면 일본은 지배권 변경 단계 + 합병 단계 두 겹, 한국은 합병·사업양수 단계 한 겹입니다.
신설이냐 인수냐: 신설 100% 자회사는 출발 시점에 과거 결손금이 없어 제57조의2의 직접 대상이 아닙니다. 결손법인 인수를 택한다면 인수가격에 "결손금 활용 가치"를 얹기 전에 5년 사업 계획을 조문에 대입해 봐야 합니다.
향후 투자유치·엑싯 시나리오: 한국 본사가 나중에 50% 넘게 인수될 경우 일본 자회사에 간접 지배 변화가 생길 수 있습니다. 이때 일본 자회사가 결손 상태라면 인수 후 사업 재편 계획을 일본 측과 함께 검토합니다.
기본 규칙과 겹쳐 보기: 일본 결손금은 원칙적으로 10년 이월, 공제 한도는 소득의 50%입니다(중소법인 등 예외는 별도 글 참고). 이월기간이 남아 있어도 제57조의2 사유가 생기면 그 이전 결손금은 쓸 수 없습니다.
| 비교 항목 | 일본 (법인세법) | 한국 (법인세법) |
|---|---|---|
| 기본 이월공제 | 10년, 소득의 50% 한도(중소법인 등 예외) (제57조 제1항) | 15년, 소득의 80% 한도(중소기업 등 100%) (제13조) |
| 주주 변경 자체 | 50% 초과 특정지배관계 + 5년 내 특정 사유 시 이전 결손금 공제 불가 (제57조의2) | 주주 변경만으로는 제한 없음 |
| 제외되는 지배 변경 | 동일자 지배관계, 채무처리계획에 따른 주식 발행·양도 등 (시행령 제113조의3) | 해당 없음 |
| 합병 시 | 지배관계 5년 미만 등이면 지배 전 결손금 인계 제한 (제57조 제3항) | 승계 결손금은 승계 사업 소득에서만, 기존 결손금은 승계 사업 소득에서 공제 불가 (제45조) |
| 사업양수 시 | 본문 범위 외 | 대통령령으로 정하는 사업양수는 양수 사업부문 소득에서 기존 결손금 공제 불가 (제50조의2) |
| 기록 의무 | 신사업과 비교하는 5배 판정 방식은 신고서에 기존·신사업 규모 서류를 첨부한 경우에만 적용 (시행령 제113조의3 제13항) | 합병 후 구분경리 (제113조 제3항) |
(가정) 한국 소프트웨어 기업 A사가 일본 판매회사 J사(결손금 누적, 연 매출 1억 엔)의 지분 70%를 인수했습니다. 인수 후 계획은 J사의 기존 도매사업을 1년 안에 접고, A사가 6억 엔을 증자해 SaaS 사업을 새로 시작하는 것입니다.
지분 70% 취득으로 특정지배관계가 생기고, 인수 시점에 J사에 과거 결손금이 있으므로 J사는 欠損等法人입니다.
지배일부터 5년 안에 기존 사업 전부 폐지 + 기존 규모(1억 엔)의 대략 5배를 넘는 출자(6억 엔)가 겹치면 제2호 사유에 해당할 수 있습니다. 그러면 해당 사업연도부터 인수 전 결손금은 공제할 수 없습니다.
대안으로 기존 사업을 유지하면서 신사업을 병행하거나, 증자 규모와 시기를 조정하는 방법을 검토할 수 있습니다. 다만 제5호(임원 전원 교체 + 인력 이탈 + 신사업 5배 초과)도 함께 점검해야 합니다.
같은 구조를 한국 법인 인수에 적용하면, 지분 인수와 증자만으로는 결손금 제한이 없습니다. 그러나 인수 후 A사가 대상 법인을 흡수합병하면 제45조 제한이 시작됩니다.
인수·투자 후 단일 주주(그룹 포함) 지분이 50%를 넘는지, 직접·간접 보유를 모두 계산
대상 일본 법인의 결손금·평가손 자산 현황과 발생 사업연도 확인
지배일부터 5년 달력 작성, 그 기간의 사업 폐지·증자·차입·합병 계획 표시
기존 사업 규모(매출·수입)를 지배일 직전 1년 또는 직전 사업연도로 산정해 5배 기준선 기록
증자 자금 중 채무 상환에 쓰는 부분을 별도로 증빙
사장·부사장·대표이사 등 임원 전원 교체와 종업원 20% 이탈이 겹치지 않는지 인사 계획 점검
인수 후 합병 예정이면 일본 제57조 제3항(5년 지배관계)과 한국 제45조를 함께 검토
일본 결손금은 "주주가 바뀌면 사라진다"가 아니라 "지배권이 바뀐 뒤 사업을 갈아엎으면 사라진다"입니다. 인수 후 PMI 계획서가 곧 세무 판단 자료입니다.
사유가 생기면 그 사업연도부터 이전 결손금 전부가 막힙니다. 인수가격에 결손금 가치를 반영했다면 계약서에 진술·보장이나 가격 조정 조항을 함께 두는 것이 안전합니다.
한국 본사 자체가 투자유치나 매각으로 지배권이 바뀌는 경우에도 해외 자회사 결손금을 실사 범위에 넣어야 합니다.
일본과 한국 모두 결손금을 "사서 쓰는" 거래를 경계하지만, 막는 지점이 다릅니다. 일본은 지배권 변경 직후 5년간의 사업 변화를, 한국은 합병·사업양수라는 결합 방식을 봅니다. 일본 결손법인 인수를 검토한다면 ① 50% 초과 여부, ② 5년 안의 사업 폐지·5배 자금·경영진 교체 계획, ③ 인수 후 합병 여부, 이 세 가지를 실사 단계에서 표로 정리해 두십시오. 결손금의 가치는 장부가 아니라 인수 후 계획이 결정합니다.
창의회계법인은 일본 법인 인수나 한국 본사 투자유치를 앞둔 기업을 위해, 대상 법인의 결손금 현황과 지배권 변경 후 5년간의 사업·자본 계획을 일본 법인세법 제57조의2 사유별로 대조하는 점검표를 만들어 드립니다. 인수 후 합병까지 염두에 둔 경우에는 한국 법인세법 제45조와 일본 합병 규정을 함께 놓고 구조 대안을 비교해 드립니다.
일본 e-Gov 法令API, 「法人税法」(昭和四十年法律第三十四号) 제57조의2 — https://laws.e-gov.go.jp/api/1/articles;lawNum=昭和四十年法律第三十四号;article=57_2 (2026-10-16 조회)
일본 e-Gov 法令API, 「法人税法」 제57조 제1항·제3항 — https://laws.e-gov.go.jp/api/1/articles;lawNum=昭和四十年法律第三十四号;article=57 (2026-10-14 조회 원문 재사용)
일본 e-Gov 法令API, 「法人税法施行令」(昭和四十年政令第九十七号) 제113조의3 — https://laws.e-gov.go.jp/api/1/articles;lawNum=昭和四十年政令第九十七号;article=113_3 (2026-10-16 조회)
국가법령정보센터, 「법인세법」 제13조 — https://www.law.go.kr/법령/법인세법 (2026-10-13 조회 원문 재사용)
국가법령정보센터, 「법인세법」 제44조의3·제45조·제50조의2·제113조 — https://www.law.go.kr/법령/법인세법 (2026-10-14 조회 원문 재사용)
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