"일본 법인 지분을 대표 개인 명의로 들고 있는데, 회사 명의로 옮기는 게 나을까요?", "국내 지주회사를 세워 일본 자회사를 그 밑에 두면 배당 세금이 달라지나요?" 일본 진출 3~4년 차에 배당을 처음 검토하는 대표님들이 자주 묻는 질문입니다.
한일 조세조약은 배당에 대해 5%와 15% 두 가지 상한만 정해 두었습니다. 그런데 어느 쪽이 적용되는지는 받는 사람이 법인인지, 지분을 직접 갖는지, 실제 수익적 소유자인지에 달려 있습니다. 그리고 일본에서 덜 떼였다고 끝이 아니라, 한국에서 그 배당을 어떻게 과세하는지까지 봐야 실제 손익이 나옵니다.
안내사항
본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 거래 구조, 소득 종류, 적용 연도 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.
이 글은 AI 도구의 도움을 받아 초안을 작성했습니다. 한일 조세조약 제10조·제23조는 국가법령정보센터 조약 국문 본문과 일본 재무성이 공개한 MLI 통합본(Synthesised Text)과, 일본 원천세율과 조약 신고서는 일본 국세청 タックスアンサー(No.2884·No.2888)와, 한국 법인세법 제18조의4·제21조·제57조·제98조·제98조의6 및 시행령 제18조는 국가법령정보센터 현행 본문과 대조했습니다(모두 2026-10-16 조회). 개인 주주의 한국 소득세 계산은 이 글에서 수치로 다루지 않았습니다.
한일 조세조약 제10조는 배당의 원천지국(배당을 주는 법인의 거주지국) 과세를 5% 또는 15%로 제한합니다. 5%는 수익적 소유자가 법인이고, 회계기간 종료 직전 6월 동안 의결권 주식 25% 이상을 가진 경우에만 적용됩니다.
조약 세율은 상한입니다. 일본 국내법 세율(비상장 배당 20.42%)이 조약 상한보다 높을 때 조약이 그 차이를 깎아 주며, 일본 국세청 기준으로 최초 지급일 전날까지 조약 신고서(様式1)를 내야 지급 시점에 적용됩니다.
한국 본사가 일본 자회사 지분 10% 이상을 직접 배당기준일 현재 6개월 이상 보유하면 받은 배당의 95%가 익금불산입됩니다. 대신 그 배당에 대해 일본에 낸 세금은 외국납부세액공제도, 손금산입도 되지 않습니다.
대표 개인, 제3국 중간지주회사를 거치는 구조는 5% 세율이나 익금불산입을 받지 못할 수 있고, MLI 주요목적기준(PPT)에도 걸릴 수 있습니다.
조약 제10조 제2항은 원천지국이 "동 체약국의 법에 의하여 과세할 수 있다"고 하면서, 배당의 수익적 소유자가 상대국 거주자이면 세금이 다음을 넘을 수 없다고 정합니다.
| 수익적 소유자 | 조약 상한 | 조문 |
|---|---|---|
| 회계기간 종료 직전 6월 동안 의결권 주식 25% 이상 보유한 법인 | 배당총액의 5% | 제10조 제2항 가목 |
| 그 밖의 모든 경우(개인 주주, 25% 미만 법인 등) | 배당총액의 15% | 제10조 제2항 나목 |
핵심은 두 단어입니다. 첫째, 5%는 법인에게만 열려 있습니다. 대표 개인이 일본 법인 지분을 100% 갖고 있어도 개인은 나목 15%입니다. 둘째, 수익적 소유자여야 합니다. 이름만 주주이고 배당을 곧바로 다른 사람에게 넘겨야 하는 구조라면 조약 혜택을 주장하기 어렵습니다.
또 하나, 일본에 한국 본사의 지점(고정사업장)이 있고 그 지점이 일본 자회사 지분을 실질적으로 관리한다면 제10조 제4항에 따라 배당 조문 대신 사업소득 조문(제7조)이 적용됩니다. 지점과 자회사를 함께 둔 기업은 지분을 어느 장부에 올릴지도 정리해 두는 것이 좋습니다.
국내 지주회사가 일본 자회사를 직접 보유하는 경우에는 지주회사가 한국 거주자 법인이므로 조약상 수령 법인이 됩니다. 25%·6월 요건은 지주회사 기준으로 봅니다. 한국 세법 쪽에서도 법인세법 시행령 제18조가 익금불산입 대상 외국자회사를 "내국법인이 직접 외국법인의" 지분을 일정 비율 이상 보유하는 경우로 정하고 있어, 실제로 지분을 들고 있는 법인이 누구인지가 중요합니다.
제3국 법인(예: 싱가포르·홍콩 지주회사)을 거치는 경우에는 일본 자회사가 배당을 주는 상대가 한국 거주자가 아니므로 한일 조약 제10조가 아니라 일본과 그 제3국 사이의 조약을 봐야 합니다. 한국 본사 입장에서는 제3국 법인에서 다시 배당을 받을 때 한국의 익금불산입 요건을 따로 충족해야 합니다.
여기에 MLI 주요목적기준(PPT)이 붙습니다. 일본 재무성 통합본에 따르면 한일 조약에는 MLI 제7조 제1항이 적용되어, 조약 혜택을 얻는 것이 어떤 약정이나 거래의 "principal purposes" 중 하나였다고 합리적으로 판단되면 혜택을 주지 않습니다. MLI는 일본에 2019년 1월 1일, 한국에 2020년 9월 1일 발효했고, 원천징수세에는 2021년 1월 1일 이후 과세 사건부터 적용됩니다. 배당 직전에 세율만 낮추려고 지분을 옮기는 구조는 이 기준으로 부인될 수 있다는 뜻입니다.
조약은 "초과할 수 없다"는 상한입니다. 일본 국세청 기준 비거주자·외국법인 배당 원천세율은 다음과 같습니다.
상장주식 등의 배당: 15.315%(발행주식 3% 이상 보유자는 제외)
그 밖의 배당(비상장 자회사 배당 포함): 20.42%
한국 본사가 비상장 일본 자회사에서 배당을 받으면 국내법 20.42%가 출발점이고, 조약 신고서를 내면 5% 또는 15%까지 내려갑니다. 국내법 세율이 조약 상한보다 낮다면 조약이 세금을 올리지는 않으므로 국내법 세율이 그대로 적용됩니다. 참고로 일본 국세청 안내는 원천징수 세목을 "令和9年分以後は所得税、防衛特別所得税および復興特別所得税"로 표기하고 있어 2027년분부터 세목 구성이 바뀝니다. 세율표는 지급 시점마다 다시 확인하는 것이 안전합니다.
조약 세율은 자동으로 적용되지 않습니다. 배당용 신고서는 「租税条約に関する届出書」 様式1이며, 최초 지급일 전날까지 지급자(일본 자회사)를 거쳐 관할 세무서장에게 제출합니다. 놓치면 국내법 세율로 떼이고, 様式11 환급청구서로 차액을 돌려받아야 합니다. 이후 지분 수량만 늘거나 줄었다면 변경 신고서를 생략할 수 있는 경우도 있습니다.
한국 법인 주주: 법인세법 제18조의4는 내국법인이 의결권 있는 발행주식총수 등의 10% 이상을 출자한 외국자회사에서 받은 배당의 95%를 익금에 산입하지 않습니다. 시행령 제18조는 그 지분을 직접, 배당기준일 현재 6개월 이상 계속 보유할 것을 요구합니다. 적용받으려면 법인세 신고 때 외국자회사 수입배당금액 명세서를 붙여야 합니다.
대신 같은 법 제57조 제7항은 익금불산입 대상 배당에 외국납부세액공제 규정을 적용하지 않고, 제21조 제1호는 그 배당에 대해 외국에 낸 세액을 손금에 넣지 않습니다. 즉 일본에서 떼인 5%는 한국에서 돌려받을 길이 없는 확정 비용입니다. 그래서 일본 단계의 세율을 20.42%가 아닌 5%로 맞추는 일이 더 중요해집니다.
조약 제23조 제1항 (b)에는 한국 법인이 일본 법인 지분 20% 이상을 배당 선언일 직전 6개월 이상 연속 보유하면 간접세액공제를 고려한다는 문구가 있지만, 같은 항은 "Subject to the provisions of Korean tax law"로 시작합니다. 현행 한국 법은 위와 같이 익금불산입 방식을 택하고 있으므로 실무는 한국 법인세법을 따릅니다.
개인 주주: 익금불산입은 내국법인에만 적용됩니다. 개인은 조약상 15% 상한으로 일본에서 떼이고, 한국 소득세 신고에서 별도로 계산해야 합니다.
일본 기업이 한국 법인의 모회사인 경우, 한국 법인세법 제98조는 외국법인에 지급하는 국내원천 배당소득에 지급금액의 20%를 원천징수하고 다음 달 10일까지 납부하도록 합니다. 일본 모회사가 조약 5% 요건(의결권 주식 25% 이상·6월)을 갖추었다면, 제98조의6에 따라 제한세율 적용신청서와 실질귀속자 증명서류를 한국 법인(원천징수의무자)에 내야 조약 세율이 적용됩니다. 서류 없이 20%로 떼였다면 원천징수된 날이 속하는 달의 다음 달 11일부터 5년 이내에 경정청구를 할 수 있습니다. 조약 문구는 양방향이 같으므로, 일본 쪽 서류(様式1)와 한국 쪽 서류(제한세율 적용신청서)를 같은 일정표로 관리하면 편합니다.
| 지분 구조 | 일본 원천세(조약 신고 시) | 한국 과세 | 확인 포인트 |
|---|---|---|---|
| 한국 본사가 직접 25% 이상, 6월 이상 | 5% 상한 | 10%·6개월 요건 충족 시 95% 익금불산입, 일본세 공제·손금 불가 | 회계기간 종료 직전 6월(조약)과 배당기준일 6개월(한국) 둘 다 |
| 한국 본사가 직접 10% 이상 25% 미만 | 15% 상한 | 요건 충족 시 95% 익금불산입 | 일본 세금이 확정 비용으로 남음 |
| 대표 개인이 보유 | 15% 상한 | 익금불산입 없음, 개인 소득세 별도 | 법인 이전 시 양도 과세 별도 검토 |
| 국내 지주회사가 직접 보유 | 지주회사 기준 5%/15% | 지주회사에서 익금불산입 판단 | 지주회사가 수익적 소유자인지 |
| 제3국 법인 경유 | 한일 조약 아님(일본–제3국 조약) | 제3국 법인 배당 단계에서 별도 판단 | MLI PPT 위험 |
| 일본 모회사가 한국 자회사 보유 | (한국 원천세) 국내법 20%, 조약 5%/15% | — | 제98조의6 신청서, 5년 내 경정청구 |
(가정) 한국 소프트웨어 기업 A사는 일본 자회사 B사(비상장) 지분 100%를 3년째 보유하고 있습니다. B사가 1억 엔을 배당하기로 했습니다.
A사가 직접 보유, 様式1 제출: 일본 원천세 5% = 500만 엔. 한국에서는 95%가 익금불산입되어 500만 엔(5%)만 익금에 들어갑니다. 일본에서 낸 500만 엔은 공제·손금 모두 안 됩니다.
様式1 미제출: 일단 20.42% = 2,042만 엔이 떼입니다. 차액 1,542만 엔은 様式11 환급청구로 돌려받아야 하고, 그동안 현금이 묶입니다. 익금불산입 배당에 붙은 일본 세금은 한국에서 공제되지 않으므로, 일본 환급이 사실상 유일한 회수 수단입니다.
대표 개인 C씨가 100% 보유했다면: 조약 상한은 15% = 1,500만 엔입니다. 같은 1억 엔이 들어와도 일본 단계에서만 1,000만 엔 차이가 납니다.
같은 자회사, 같은 배당이라도 지분 명의와 서류 한 장이 세후 현금을 크게 바꾸는 구조입니다.
일본 자회사 지분의 법적 보유자(본사·개인·지주회사)를 주주명부로 확정
보유 지분이 의결권 주식 기준 25% 이상인지, 회계기간 종료 직전 6월 동안 유지됐는지 기록
한국 익금불산입용으로 배당기준일 현재 6개월 이상 직접 보유했는지 별도 확인
첫 배당 지급일 전날까지 様式1 제출, 거주자증명 등 첨부서류 준비
지분 이전·지주회사 설립 직후 배당이라면 MLI 주요목적기준 관점에서 사업상 이유를 문서화
법인세 신고 시 외국자회사 수입배당금액 명세서 첨부
일본 모회사가 있는 한국 법인은 배당 전 제한세율 적용신청서 수령
익금불산입을 받는 배당에서는 일본 세금이 공제되지 않습니다. "어차피 한국에서 공제받는다"는 생각으로 일본 신고서를 미루면 그대로 손해입니다.
조약의 6월 기준(회계기간 종료 직전)과 한국의 6개월 기준(배당기준일 현재)은 기준 시점이 다릅니다. 지분을 새로 취득한 해의 첫 배당은 두 기준을 모두 날짜로 확인하세요.
개인 명의 지분을 법인으로 옮기는 것은 그 자체로 양도 과세와 PPT 검토가 따르는 별도 의사결정입니다.
한일 조세조약 배당 조문은 "5% 아니면 15%"로 단순해 보이지만, 실제 손익은 지분을 누가 직접 갖고 있느냐에서 결정됩니다. 일본 단계에서는 법인 명의·25%·6월·수익적 소유자, 한국 단계에서는 직접 보유·10%·6개월·익금불산입이 맞물립니다. 배당 결의 전에 주주명부, 보유기간 계산표, 様式1 제출 일정을 한 장으로 묶어 두면 대부분의 실수를 막을 수 있습니다.
창의회계법인은 일본 자회사 배당을 앞둔 기업의 주주 구조를 점검해, 조약 세율과 한국 익금불산입 요건을 날짜 기준으로 맞춰 보는 배당 전 검토를 제공합니다. 지주회사 설립이나 지분 이전을 고민 중이라면 세율 효과와 함께 양도 과세·주요목적기준 위험까지 한 번에 비교해 드립니다.
국가법령정보센터, 「대한민국과 일본국간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약」(발효 1999.11.22) 제10조 — https://www.law.go.kr/LSW/trtyInfoR.do?trtySeq=1127 (2026-10-16 조회)
일본 재무성, Synthesised Text of the MLI and the Japan–Korea Convention(제10조·제23조, MLI 제7조, 발효·적용 시점) — https://www.mof.go.jp/tax_policy/summary/international/tax_convention/SynthesizedTextforJapan_Korea_EN.pdf (2026-10-16 조회)
일본 재무성, Application of the MLI to the Tax Treaty between Japan and Korea — https://www.mof.go.jp/english/policy/tax_policy/tax_conventions/mli_kor.htm (2026-10-16 조회)
일본 국세청, タックスアンサー No.2884 非居住者等に対する源泉徴収の税率 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2884.htm (2026-10-16 조회)
일본 국세청, タックスアンサー No.2888 租税条約に関する届出書の提出 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2888.htm (2026-10-16 조회)
국가법령정보센터, 「법인세법」 제18조의4·제21조·제57조·제98조·제98조의6, 「법인세법 시행령」 제18조 현행 본문 — https://www.law.go.kr (2026-10-16 조회)
[조세조약] 일본 자회사 배당 지분 보유기간, 5% 세율을 위한 25%·6개월 요건 검토법
[조세조약] 일본 배당 원천징수 환급, 조약 신고서를 놓쳤을 때 차액 돌려받는 법
[조세조약] 일본 자회사 본사 송금, 배당·이자·로열티 원천세와 조약 신고서 정리
[조세조약] 한일 조세조약 MLI 통합본문 읽는 법, 원문과 수정 문구·적용 시점 구분
[조세조약] 일본 프랜차이즈 로열티 원천징수, 상표·교육·장비 대가를 나눠야 하는 이유
#한일조세조약 #일본배당 #배당원천징수 #수익적소유자 #익금불산입 #일본자회사 #해외진출세무 #창의회계법인
가입하기
