일본 법인 설립 세무 신고, 등기 후 2개월·급여 개시 후 1개월 안에 낼 서류와 선택 신고

"등기는 법무사가 끝냈다는데, 세무서에는 아무것도 안 냈어요." 일본 자회사를 막 세운 한국 본사 재무팀에서 자주 듣는 말입니다. 일본은 설립등기 정보가 세무서로 넘어가더라도, 회사가 직접 내야 하는 신고서가 여러 장 있습니다. 어떤 서류는 늦게 내도 불이익이 작지만, 어떤 서류는 기한을 넘기면 첫 사업연도의 세금 계산 방식이 바뀝니다.

특히 한국 본사가 일본에 상주 직원 없이 법인을 세운 경우, 현지 세무대리인을 정하기 전에 기한이 지나 버리는 일이 많습니다. 이 글은 등기일을 기준으로 "언제까지 무엇을" 내야 하는지 순서대로 정리합니다.

안내사항

본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 거래 구조, 소득 종류, 적용 연도 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.

AI 활용 및 투명성 안내

이 글은 AI 도구의 도움을 받아 초안을 작성했습니다. 각 신고서의 제출 기한·대상·근거 조문은 일본 국세청 「税務手続の案内」 각 페이지(C1-4, C1-17, C1-19, C1-25, C1-33, A2-7, A2-8, 소비세 선택신고·신설법인 신고·간이과세 선택, 적격청구서 발행사업자 등록)의 원문과 대조했습니다(모두 2026-10-16 조회). 도도부현·시정촌에 내는 지방세 설립신고는 자치단체마다 서식과 기한이 달라 이 글에서 기한을 단정하지 않았습니다.

핵심 요약

• 법인설립신고서는 설립등기일 이후 2개월 이내에 납세지 관할 세무서장에게 내고, 정관 사본을 붙입니다(법인세법 제148조).

• 일본에서 급여를 주기 시작하면 급여지급사무소 개설신고서를 개설일부터 1개월 이내에 냅니다(소득세법 제230조).

• 직원이 상시 10인 미만이면 원천소득세를 매달(다음 달 10일) 내지 않고 연 2회(7월 10일·다음 해 1월 20일) 낼 수 있는 납기특례를 신청할 수 있습니다.

• 재고자산 평가방법·감가상각 방법 신고는 설립 제1기 확정신고 기한까지 내면 됩니다. 내지 않으면 법정 방법이 적용됩니다.

• 소비세는 자본금 1,000만 엔 이상이면 설립 첫해부터 납세의무가 생기는 '신설법인'이 되고, 인보이스(적격청구서) 등록 여부는 거래처 요구와 함께 판단합니다.

Q&A

Q1. 일본 법인 설립 세무 신고, 등기 후 가장 먼저 낼 서류는 무엇인가요?

가장 먼저 챙길 서류는 법인설립신고서(法人設立届出書)입니다. 일본 국세청 안내에 따르면 대상은 내국법인인 보통법인으로, 한국 본사가 세운 KK·GK 자회사가 여기에 해당합니다.

• 제출 기한: 법인 설립일(설립등기일) 이후 2개월 이내

• 제출처: 납세지 관할 세무서장

• 첨부서류: 정관 등의 사본

• 근거: 법인세법 제148조, 같은 법 시행규칙 제63조

법인설립신고서는 단순한 등록이 아니라 이후 신고서의 '기준 정보'가 됩니다. 사업연도, 자본금, 주주 구성, 본점 소재지가 여기서 정해진 대로 세무서 기록에 올라갑니다. 특히 뒤에서 볼 소비세 '신설법인' 해당 여부도 이 신고서에 함께 기재할 수 있어, 처음부터 정확하게 쓰는 것이 이후 서류를 줄이는 방법입니다.

서면으로 직접 가져가는 경우 참고할 점도 있습니다. 국세청은 2026년 10월 1일부터 모든 세무서 종합창구의 접수시간을 원칙적으로 오전 9시부터 오후 3시까지로 운영한다고 안내합니다. 한국에서 출장 일정을 잡아 제출할 계획이라면 시간을 맞춰야 합니다.

Q2. 급여지급사무소 신고는 직원이 없어도 내야 하나요?

급여지급사무소 개설신고서(給与支払事務所等の開設届出書)는 일본 국내에서 급여 지급 사무를 처리하는 사무소를 연 경우에 냅니다. 기한은 개설 사실이 있었던 날부터 1개월 이내이고, 근거는 소득세법 제230조입니다.

여기서 '급여'에는 일본인 직원 급여뿐 아니라 일본 법인에서 받는 임원 보수도 포함되는 것이 일반적입니다. 한국 본사 대표가 일본 법인 대표이사를 겸하면서 일본 법인에서 보수를 받는다면 직원이 없어도 이 신고가 필요한지 검토해야 합니다. 반대로 설립 초기에 일본 법인이 아무에게도 급여를 지급하지 않는다면, 실제 지급 사무를 시작하는 시점을 기준으로 일정을 잡습니다.

이 신고를 하면 세무서가 회사를 '원천징수의무자'로 관리하기 시작합니다. 즉 이후 급여를 줄 때마다 원천소득세를 떼서 기한 안에 내야 합니다.

Q3. 원천소득세 납기특례는 누가, 언제 신청하나요?

원천소득세는 원칙적으로 징수한 날의 다음 달 10일이 납부 기한입니다. 매달 납부 절차를 밟는 것은 소규모 일본 법인에 큰 부담이므로, 국세청은 급여 지급인원이 상시 10인 미만인 원천징수의무자에게 연 2회로 묶어 낼 수 있는 특례를 둡니다(소득세법 제216조·제217조).

신청서 제출 시기는 따로 정해져 있지 않습니다. 다만 제출한 달의 다음 달 말일까지 세무서장이 승인이나 각하를 통지하지 않으면 그날 승인된 것으로 보고, 신청한 달의 다다음 달 납부분부터 특례가 적용됩니다. 그래서 급여지급사무소 개설신고와 같은 날 내는 것이 실무상 가장 깔끔합니다. 직원이 늘어 상시 10인 미만 요건을 벗어나면 그 사실을 따로 신고해야 한다는 점도 기억해 두세요.

Q4. 재고자산·감가상각 방법 신고는 꼭 내야 하나요?

두 신고는 '선택 신고'입니다. 내지 않아도 위반은 아니지만, 내지 않으면 회사가 원하는 방법이 아니라 법이 정한 기본 방법으로 계산됩니다.

• 재고자산 평가방법 신고서(C1-25): 보통법인을 설립한 경우 설립 제1기 확정신고서의 제출 기한까지

• 감가상각자산 상각방법 신고서(C1-33): 보통법인을 설립한 경우 설립 제1기 확정신고서의 제출 기한까지

제조·유통 자회사라면 재고 평가방법이 첫해 이익을 바꿀 수 있고, 장비 투자가 큰 회사라면 상각방법이 초기 세부담을 바꿉니다. 한국 본사의 연결결산 회계정책과 일본 세무상 방법이 다르면 조정 작업이 매년 생기므로, 첫 결산 전에 본사 회계팀과 함께 방법을 정하는 것이 좋습니다.

같은 맥락에서 청색신고 승인 신청도 일정에 넣어야 합니다. 신설법인은 설립일 이후 3개월을 경과한 날과 첫 사업연도 종료일 중 이른 날의 전날까지 내야 하며, 결손금 이월 등 혜택과 연결되는 내용은 「일본 청색신고 신청 기한」 글에서 따로 정리했습니다.

Q5. 소비세 신고와 인보이스 등록은 설립 직후 무엇을 판단해야 하나요?

일본 소비세는 원칙적으로 기준기간의 과세매출로 납세의무를 판단하기 때문에, 갓 설립한 법인은 기준기간이 없습니다. 이때 갈림길이 자본금입니다.

• 소비세 신설법인: 기준기간이 없는 사업연도 개시일의 자본금(출자금)이 1,000만 엔 이상이면 설립 첫해부터 과세사업자입니다. 법인설립신고서에 신설법인 해당 사실과 소정 사항을 기재하면 별도 신고서는 필요 없습니다.

• 과세사업자 선택신고: 면세사업자라도 수출이나 초기 설비투자로 환급을 받으려면 과세사업자를 선택할 수 있습니다. 원칙은 적용받을 과세기간 첫날의 전날까지이고, 사업을 시작한 과세기간이라면 그 기간 중에 내면 됩니다.

• 간이과세 선택: 매입세액을 실제 대신 업종별 간주율로 계산하는 방식입니다. 제출 시기는 위와 같은 구조이지만, 기준기간 과세매출이 5,000만 엔을 넘는 과세기간에는 적용할 수 없습니다.

• 적격청구서(인보이스) 발행사업자 등록: 등록의 효력은 세무서장이 등록한 날부터 생깁니다. 면세사업자가 과세사업자가 되는 과세기간부터 등록하려면 그 과세기간 첫날부터 거꾸로 15일 전까지 신청해야 합니다.

B2B 거래처가 매입세액공제를 위해 인보이스 번호를 요구하는 경우가 많으므로, 면세사업자로 남을지 여부는 세금만이 아니라 영업 측면까지 함께 따져야 합니다. 자본금 규모가 세목별로 어떤 차이를 만드는지는 「일본 법인 자본금 세금」 글을 참고하세요.

가정 사례

(가정) 한국 SaaS 기업 A사가 2027년 4월 1일 도쿄에 자본금 900만 엔의 주식회사를 설립등기했습니다. 사업연도는 3월 결산이고, 5월부터 일본인 영업직원 2명에게 급여를 지급할 예정입니다.

• 법인설립신고서: 등기일 이후 2개월 이내이므로 5월 말까지 정관 사본과 함께 제출합니다.

• 급여지급사무소 개설신고서: 5월에 급여 지급 사무를 시작하므로 개설일부터 1개월 이내에 내고, 같은 날 원천소득세 납기특례도 신청합니다. 5월에 신청하면 6월 말까지 통지가 없을 경우 승인으로 보고 7월 납부분부터 적용됩니다.

• 청색신고: 설립일 이후 3개월 경과일과 사업연도 종료일 중 이른 날의 전날까지 내야 하므로 4월 1일 설립이라면 6월 30일까지 제출되도록 일정을 잡습니다.

• 소비세: 자본금이 1,000만 엔 미만이라 신설법인에는 해당하지 않습니다. 다만 일본 대기업 고객이 인보이스 번호를 요구한다면 과세사업자 선택과 인보이스 등록을 함께 검토해야 합니다.

실무 체크포인트

1. 설립등기일을 기준으로 2개월(법인설립신고)·1개월(급여지급사무소) 기한을 달력에 바로 표시

2. 법인설립신고서에 소비세 신설법인 해당 여부를 정확히 기재

3. 일본 법인 임원 보수 지급 여부를 확인해 급여지급사무소 신고 시점 결정

4. 상시 10인 미만이면 납기특례를 개설신고와 같은 날 신청

5. 청색신고 신청은 설립 후 3개월 안에 끝내도록 세무대리인 선임 일정 확보

6. 재고·감가상각 방법을 본사 회계정책과 비교해 제1기 신고 기한 전 결정

7. 인보이스 등록 여부를 주요 거래처 요구와 함께 판단

8. 도도부현·시정촌 설립신고는 관할 자치단체 서식과 기한을 별도 확인

대표님/CFO가 특히 주의할 부분

• 설립등기와 세무 신고는 별개입니다. 법무사나 설립 대행사가 세무서 신고까지 해 주는지 계약 범위를 꼭 확인하세요.

• 선택 신고는 기한이 지나면 되돌리기 어렵습니다. 특히 청색신고를 놓치면 첫해 결손금 활용에 영향이 갈 수 있습니다.

• 자본금 결정이 소비세 일정을 바꿉니다. 1,000만 엔 기준을 염두에 두고 설립 자본금을 정해야 첫해 소비세 신고 부담을 예측할 수 있습니다.

• 결산 후 2개월 안에 주주총회를 열기 어려운 구조라면 신고기한 연장 특례 신청을 검토합니다. 이 신청은 최초 적용받을 사업연도 종료일까지 내야 합니다(법인세법 제75조의2).

결론 및 전문가 Tip

일본 법인 설립 세무 신고는 "등기 후 2개월, 급여 시작 후 1개월, 설립 후 3개월"이라는 세 개의 시계로 관리하면 놓치지 않습니다. 필수 신고는 늦어도 바로잡을 수 있지만, 선택 신고는 기한이 지나면 그 사업연도 동안 기본값으로 계산된다는 점이 핵심입니다. 등기 서류를 받는 날 세무대리인에게 이 표를 그대로 넘기고 담당자와 기한을 확정해 두는 것을 권합니다.

창의회계법인 서비스 안내

창의회계법인은 일본 자회사 설립 직후 세무 신고 일정표를 등기일 기준으로 작성하고, 소비세 신설법인 해당 여부·청색신고·감가상각 방법을 한국 본사 회계정책과 함께 검토해 드립니다. 일본 현지 세무대리인과 한국 본사 사이에서 연결결산에 필요한 자료 흐름도 함께 설계합니다.

참고 출처 요약

• 일본 국세청, C1-4 内国普通法人等の設立の届出 — https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/annai/1554_2.htm (2026-10-16 조회)

• 일본 국세청, A2-7 給与支払事務所等の開設・移転・廃止の届出 — https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/gensen/annai/1648_11.htm (2026-10-16 조회)

• 일본 국세청, A2-8 源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請 — https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/gensen/annai/1648_14.htm (2026-10-16 조회)

• 일본 국세청, C1-19 青色申告書の承認の申請 — https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/annai/1554_14.htm (2026-10-14 저장본 재사용)

• 일본 국세청, C1-25 棚卸資産の評価方法の届出 / C1-33 減価償却資産の償却方法の届出 — https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/annai/1554_16.htm , .../1554_21.htm (2026-10-16 조회)

• 일본 국세청, C1-17 定款の定め等による申告期限の延長の特例の申請 — https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/annai/1554_12.htm (2026-10-16 조회)

• 일본 국세청, 消費税課税事業者選択届出手続·消費税の新設法人に該当する旨の届出手続·消費税簡易課税制度選択届出手続 — https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/shohi/annai/1461_01.htm , 1461_09.htm , 1461_13.htm (2026-10-16 조회)

• 일본 국세청, 適格請求書発行事業者の登録申請手続（国内事業者用） — https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/annai/invoice_01.htm (2026-10-16 조회)

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