플립 클로징을 앞둔 회사에서 세금 이야기를 하면 대부분 양도소득세에 집중합니다. 그런데 클로징이 끝나고 몇 달 뒤 "증권거래세 신고는 하셨나요?"라는 질문을 받고 당황하는 경우가 적지 않습니다. 증권거래세는 금액이 상대적으로 작아 보여도, 주주 전원이 각자 신고해야 하는 세금이고 해외 주주분은 미국 모회사가 떠안을 수 있어 체크리스트에서 빠지면 나중에 정리하기가 번거롭습니다.
특히 플립은 상장 주식 매매처럼 증권사가 알아서 떼 가는 구조가 아닙니다. 비상장 주식을 계약으로 넘기기 때문에, 누가 신고하고 무엇을 기준으로 세액을 계산할지를 회사가 먼저 정리해 주주에게 안내해야 합니다.
안내사항
본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 거래 구조, 소득 종류, 적용 연도 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.
이 글은 AI 도구의 도움을 받아 초안을 작성했습니다. 「증권거래세법」 제1조의2·제2조·제3조·제5조·제7조·제8조·제10조, 같은 법 시행령 제4조·제5조, 「조세특례제한법」 제38조·제117조, 「상법」 제360조의2는 국가법령정보센터 현행 본문과 대조했습니다(2026-10-16 조회). 미국 측 거래 관련 세금과 양도소득세 세율은 이 글에서 다루지 않았습니다.
과세 여부: 증권거래세법은 계약상·법률상 원인으로 유상으로 소유권이 이전되는 것을 양도로 봅니다. 현금 대신 미국 모회사 주식을 받는 교환·현물출자도 검토 대상입니다. 주권을 발행하지 않은 스타트업 주식도 주권으로 봅니다.
과세표준: 양도가액이 원칙이지만, 시가나 정상가격보다 낮게 넘긴 것으로 인정되면 시가액·정상가격이 과세표준이 됩니다.
세율: 본칙 세율은 1만분의 35(0.35%)입니다. 시행령의 낮은 탄력세율은 증권시장 거래 주권에만 적용됩니다.
면제: 벤처투자조합 등이 벤처기업에 직접 출자해 취득한 주식은 2028년 12월 31일까지 양도분 면제 대상이고, 면제신청이 필요합니다. 주식의 포괄적 교환 면제는 내국법인 간 요건이 붙습니다.
신고: 증권사를 거치지 않으면 양도자가 양도일이 속하는 반기 말일부터 2개월 이내에 신고·납부합니다. 국내사업장 없는 해외 주주분은 양수인이 납세의무자입니다.
증권거래세법 제2조는 주권 또는 지분의 양도에 증권거래세를 부과하고, 제1조의2 제3항은 양도를 "계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 것"으로 정의합니다. 핵심은 현금 수령이 아니라 대가를 받고 소유권이 넘어갔는지입니다.
플립의 대표 형태를 이 기준에 대 보면 다음과 같습니다.
주주별 주식 교환·현물출자: 한국 법인 주주가 주식을 미국 모회사에 넘기고 그 대가로 미국 모회사 신주를 받습니다. 대가가 있는 소유권 이전이므로 양도 검토 대상입니다.
일부 현금 매매: 소수 주주에게 현금을 주고 지분을 사 오는 경우도 당연히 양도입니다.
상법상 포괄적 주식교환: 「상법」 제360조의2는 "회사"가 다른 회사 발행주식 총수를 소유하는 완전모회사가 되는 제도입니다. 국경을 넘는 플립에서는 이 절차 대신 주주별 계약으로 진행하는 경우가 많아, 주주 한 명 한 명이 양도자가 됩니다.
스타트업에서 자주 나오는 질문이 "우리는 주권(종이 주식)을 발행한 적이 없는데요?"입니다. 증권거래세법 제1조의2 제4항은 주권 발행 전의 주식과 주식 인수로 인한 권리, 신주인수권도 주권으로 봅니다. 주권 미발행이라는 이유로 과세 대상에서 빠지지는 않습니다.
증권사를 거치지 않는 비상장 주식 양도의 과세표준은 제7조 제1항 제2호가 정합니다.
양도가액을 알 수 있는 경우: 그 양도가액
시가보다 낮게 넘긴 것으로 인정되는 경우: 「소득세법」 제101조, 「법인세법」 제52조, 「상속세 및 증여세법」 제35조에 따라 저가 양도로 인정되면 그 시가액
정상가격보다 낮게 넘긴 것으로 인정되는 경우: 「국제조세조정에 관한 법률」 제7조 등에 따라 저가 양도로 인정되면 그 정상가격
양도가액을 알 수 없는 경우: 시행령 제4조 제2항의 평가방법(비상장 주식은 「소득세법 시행령」 제165조에 따라 계산한 가액)
플립에서는 현금 가격이 없으므로 교환비율에 따라 받는 미국 모회사 주식의 가치를 어떻게 양도가액으로 확정하느냐가 출발점이 됩니다. 교환비율을 정한 가치평가 보고서가 양도소득세뿐 아니라 증권거래세 과세표준의 근거 자료가 되는 셈입니다. 미국 모회사는 창업자가 지배하는 특수관계 법인인 경우가 많아, 교환가치가 세법상 시가나 정상가격보다 낮게 잡히면 과세표준이 시가액·정상가격으로 바뀔 수 있다는 점도 함께 봐야 합니다. 시가액의 범위는 시행령 제4조 제1항이 「소득세법 시행령」 제167조 등에 따라 시가로 인정된 가액으로 연결합니다.
제8조 제1항은 세율을 1만분의 35로 정합니다. 시행령 제5조에는 코넥스시장 1만분의 10, 코스닥시장 등 1만분의 15 같은 낮은 세율이 있지만, 제8조 제2항은 이런 탄력세율을 증권시장에서 거래되는 주권에 한정해 둡니다. 플립처럼 장외에서 계약으로 넘기는 비상장 주식은 본칙 세율 0.35%를 기준으로 봅니다.
이익이 아니라 가액에 붙는 세금이라는 점이 양도소득세와 가장 다른 부분입니다. 취득가액보다 낮은 가치로 교환해 양도차손이 나더라도 증권거래세는 생길 수 있습니다.
「조세특례제한법」 제117조에 플립 실무와 맞닿는 면제 규정이 두 가지 있습니다.
벤처투자 주주 면제: 제117조 제1항 제1호는 벤처투자회사, 창업기획자, 벤처투자조합, 벤처투자목적회사가 창업기업 또는 벤처기업에 직접 출자해 취득한 주식을 양도하는 경우를 면제합니다. 신기술사업금융업자·신기술사업투자조합의 직접 출자 주식(제2호)도 같은 구조입니다. 이 면제는 2028년 12월 31일까지의 양도분에 적용되고(제2항 제1호), 적용받으려면 세액면제신청을 해야 합니다(제4항). VC가 구주를 사들인 경우처럼 직접 출자가 아닌 취득분은 요건을 따로 확인해야 합니다.
주식의 포괄적 교환 면제: 제117조 제1항 제14호는 같은 법 제38조 제1항 요건을 모두 갖춘 주식의 포괄적 교환·이전을 위한 양도를 면제합니다. 그런데 제38조 제1항 제1호는 교환일 현재 1년 이상 계속 사업을 하던 내국법인 간의 교환을 요구합니다. 상대방이 미국 법인인 플립은 이 요건을 충족하기 어렵다고 보고 검토하는 것이 안전합니다.
한편 증권거래세법상 "주권"은 상법 등에 따라 설립된 법인의 주권과, 외국법인 주권 중 국내 증권시장에 상장된 것입니다(제1조의2 제1항). 플립 후 주주가 받은 미국 모회사의 비상장 주식은 이 정의에 바로 들어오지 않으므로, 나중에 그 주식을 처분할 때의 세금은 증권거래세가 아니라 양도소득세 등 다른 세목 중심으로 검토하게 됩니다.
원칙: 양도자. 증권사(금융투자업자)를 통해 양도하면 그 금융투자업자가 납세의무자이지만(제3조 제2호), 플립처럼 직접 계약으로 넘기면 주식을 넘긴 주주가 납세의무자입니다(제3조 제3호).
예외: 양수인. 국내사업장이 없는 비거주자나 외국법인 주주가 증권사를 통하지 않고 넘기면 양수인, 즉 미국 모회사가 납세의무자가 됩니다.
기한: 양도자 신고분은 매 반기분을 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 신고하고(제10조 제1항 제2호), 신고와 동시에 납부합니다(제10조 제2항). 증권사 경유분은 매월분을 다음 달 10일까지 신고합니다.
양도 시기: 제5조는 양도 시기를 매매거래가 확정되는 때로 정합니다. 계약 체결일, 대금(신주) 지급일, 명의개서일이 다를 수 있으므로 어느 날짜를 확정일로 볼지 클로징 서류에서 일관되게 정리해 두어야 반기 구분이 흔들리지 않습니다.
| 확인 항목 | 플립에서의 기준 | 근거 |
|---|---|---|
| 거래 형태 | 교환·현물출자·매매 모두 유상 소유권 이전이면 양도 | 증권거래세법 제1조의2 제3항, 제2조 |
| 주권 미발행 주식 | 주권으로 봄 | 제1조의2 제4항 |
| 과세표준 | 양도가액, 저가 인정 시 시가액·정상가격 | 제7조, 시행령 제4조 |
| 세율 | 1만분의 35(장외 비상장) | 제8조 제1항·제2항 |
| VC·조합 직접 출자 주식 | 면제(2028.12.31까지, 면제신청) | 조특법 제117조 제1항 제1·2호, 제2항, 제4항 |
| 포괄적 교환 면제 | 내국법인 간 요건 → 해외 모회사 플립은 적용 어려움 | 조특법 제117조 제1항 제14호, 제38조 |
| 납세의무자 | 양도자, 국내사업장 없는 해외 주주분은 양수인 | 제3조 제3호 |
| 신고·납부 | 반기 말일부터 2개월 이내, 신고와 동시 납부 | 제10조 |
(가정) 한국 스타트업 A사가 미국 델라웨어에 B Inc.를 세우고, 2026년 3월에 주주 전원이 A사 주식을 B Inc. 신주와 교환했습니다. 교환비율 근거인 평가에서 A사 지분 가치는 창업자 10억 원, 개인 엔젤 2억 원, 벤처투자조합 C 8억 원, 미국 거주 공동창업자 1억 원으로 정리됐습니다.
창업자·엔젤: 증권사를 거치지 않았으므로 각자 양도자로서 신고합니다. 세액은 창업자 10억 원 × 0.35% = 350만 원, 엔젤 2억 원 × 0.35% = 70만 원입니다. 3월 양도분은 상반기 말일(6월 30일)부터 2개월 이내인 8월 31일까지 신고·납부합니다.
벤처투자조합 C: A사가 벤처기업이고 C가 직접 출자로 취득한 주식이라면 제117조 제1항 제1호 면제 대상이 될 수 있습니다. 다만 면제신청을 해야 하며, 일부를 구주 매입으로 취득했다면 그 부분은 따로 판단합니다.
미국 거주 공동창업자: 국내사업장이 없는 비거주자가 직접 넘겼으므로 양수인인 B Inc.가 1억 원 × 0.35% = 35만 원의 납세의무자가 됩니다. 한국에 사무실이 없는 B Inc.가 신고를 놓치지 않도록 대리 신고 담당자를 정해 둡니다.
확인할 점: 평가액이 세법상 시가보다 낮다고 인정되면 위 과세표준이 시가액으로 바뀔 수 있습니다.
플립 거래를 주주별 교환·현물출자·매매로 구분한 거래 목록 작성
주주별 양도가액 근거(교환비율·평가보고서)와 세법상 시가 차이 점검
주주를 개인·법인·비거주자·벤처투자조합 등으로 나눠 납세의무자(양도자·양수인) 표시
벤처투자조합·VC의 직접 출자 여부와 면제신청 서류 준비
양도 확정일을 정하고 반기별 신고 기한을 주주 안내문에 기재
해외 주주분은 미국 모회사의 신고·납부 담당자와 재원 확정
양도소득세 예정신고 일정과 함께 한 번에 안내해 누락 방지
손실이 나도 내는 세금입니다. 양도차익이 없다고 증권거래세까지 없는 것이 아닙니다.
해외 주주분은 회사 일이 됩니다. 국내사업장 없는 해외 주주가 넘긴 주식은 미국 모회사가 납세의무자가 될 수 있습니다.
VC 면제는 자동이 아닙니다. 요건 확인과 면제신청이 필요하고, 면제 기한도 정해져 있습니다.
평가보고서 하나가 두 세목을 움직입니다. 교환가치가 시가보다 낮게 잡히면 양도소득세와 증권거래세 과세표준이 함께 바뀔 수 있습니다.
플립의 증권거래세는 "얼마"보다 "누가, 언제"를 놓치기 쉬운 세금입니다. 세율은 0.35%로 단순하지만, 주주마다 납세의무자와 면제 여부가 다르고 해외 주주분은 미국 모회사의 의무가 될 수 있습니다. 클로징 체크리스트에 주주별 과세표준·납세의무자·면제 여부·반기 신고 기한 네 칸을 넣어 두면, 클로징 후 몇 달 뒤에 신고 누락을 정리하는 일을 막을 수 있습니다.
창의회계법인은 플립 클로징 전에 주주명부를 바탕으로 주주별 증권거래세 과세표준과 납세의무자를 정리하고, 벤처투자조합 면제 요건과 면제신청 서류, 미국 모회사의 해외 주주분 신고 대행 방안까지 하나의 신고 일정표로 만들어 드립니다. 양도소득세 예정신고와 함께 묶어 주주 안내문도 준비해 드립니다.
국가법령정보센터, 「증권거래세법」 제1조의2·제2조·제3조·제5조·제7조·제8조·제10조 — https://www.law.go.kr/법령/증권거래세법 (2026-10-16 조회)
국가법령정보센터, 「증권거래세법 시행령」 제4조·제5조 — https://www.law.go.kr/법령/증권거래세법시행령 (2026-10-16 조회)
국가법령정보센터, 「조세특례제한법」 제38조·제117조 — https://www.law.go.kr/법령/조세특례제한법 (2026-10-16 조회)
국가법령정보센터, 「상법」 제360조의2 — https://www.law.go.kr/법령/상법 (2026-10-08 수집본)
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