한국 일본 연구개발 세액공제 비교, 증가율로 정하는 일본 공제율과 법인세액 25％ 한도

"한국에서는 연구개발비의 일정 비율을 세액공제 받는데, 일본 자회사도 비슷하겠죠?" 일본 진출을 검토하는 기술 기업 대표님들이 자주 하시는 질문입니다. 결론부터 말하면 제도의 이름은 비슷하지만 계산의 축이 다릅니다. 한국은 "어떤 회사가, 어떤 기술에" 썼는지가 공제율을 정하고, 일본은 "작년까지보다 얼마나 더 썼는지"와 "올해 낸 법인세가 얼마인지"가 공제액을 정합니다.

이 차이를 모르고 한국 공제율을 일본 사업계획에 그대로 넣으면, 연구비를 늘리지 않은 해나 적자인 해에 기대했던 세금 절감이 거의 나오지 않을 수 있습니다.

안내사항

본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 법인 규모, 사업연도 개시일, 연구비 구성 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.

AI 활용 및 투명성 안내

이 글은 AI 도구의 도움을 받아 초안을 작성했습니다. 한국 「조세특례제한법」 제2조·제10조·제144조는 국가법령정보센터 현행 본문(2026-10-16 조회)과, 일본 「租税特別措置法」 제42조의4는 일본 정부 e-Gov 법령 API에서 받은 조문 원문(2026-10-13 수집본)과 대조했습니다. 일본 조문은 연결납세(그룹통산) 특례와 한시 특례가 복잡하게 얽혀 있어, 본문에는 일반 법인에 적용되는 기본 구조만 옮겼고 세부 가산·감산 요건은 수치를 단정하지 않았습니다.

핵심 요약

• 적격 활동: 한국은 "과학적ㆍ기술적 진전 또는 새로운 서비스 및 서비스전달체계 개발"을 위한 활동, 일본은 제품 제조·기술 개량·고안·발명에 관한 시험연구와 대가를 받고 제공하는 새로운 용역 개발을 대상으로 합니다.

• 일본 일반형 공제율: 시험연구비가 직전 3년 평균(비교시험연구비)보다 늘었는지에 따라 공식으로 정해지고, 공제율 상한은 10%, 공제액 상한은 조정 전 법인세액의 25%입니다.

• 일본 공동·위탁 연구(특별시험연구비): 대학·국가 연구기관과의 공동·위탁 연구는 30%, 혁신적 공동연구 등은 25%, 그 밖은 20%로 별도 계산하며, 상한은 법인세액의 10%입니다.

• 한국 일반 연구개발비: 당기분 방식(중소기업 25%, 중견기업 8%, 일반기업은 매출 대비 비율의 2분의 1·최대 2%)과 증가분 방식(초과액의 25%·40%·50%) 중 선택합니다.

• 한국 신성장·원천기술·국가전략기술: 기본 비율(중소 30%·40%, 그 밖 20%·30%)에 매출 대비 비율로 최대 10%포인트를 더합니다. 못 쓴 공제는 10년 이월됩니다.

Q&A

Q1. 적격 활동·지출·공제 방식, 한국과 일본은 무엇을 연구개발로 보나요?

한국 「조세특례제한법」 제2조 제1항 제11호는 연구개발을 "과학적ㆍ기술적 진전 또는 새로운 서비스 및 서비스전달체계 개발을 위한 체계적이고 창의적인 활동"으로 정의하고, 대통령령으로 정하는 활동은 제외합니다.

일본 「租税特別措置法」 제42조의4는 시험연구비를 두 갈래로 정의합니다. 첫째, "製品の製造又は技術の改良、考案若しくは発明に係る試験研究"로 새로운 지식을 얻거나 기존 지식의 새로운 응용을 고안하기 위한 것에 한정합니다. 둘째, "対価を得て提供する新たな役務の開発"에 관한 시험연구입니다. 즉 두 나라 모두 제조 기술뿐 아니라 서비스 개발도 일정 범위에서 포함합니다.

공제 방식의 공통점은 둘 다 법인세에서 직접 빼는 세액공제라는 점입니다. 차이는 공제율과 상한을 정하는 축에 있습니다(아래 Q2·Q3).

Q2. 일본 연구개발비 세액공제, 일반형 공제율은 어떻게 정해지나요?

일본 일반형(제42조의4 제1항)은 청색신고서를 제출하는 법인이 대상이고, 공제율이 고정돼 있지 않습니다. 핵심 개념은 두 가지입니다.

• 비교시험연구비: 해당 사업연도 개시일 3년 전부터 전날까지 개시한 각 사업연도의 시험연구비 합계를 사업연도 수로 나눈 금액, 즉 직전 3년 평균입니다.

• 증감시험연구비 비율: 올해 시험연구비에서 비교시험연구비를 뺀 금액이 비교시험연구비에서 차지하는 비율입니다.

증감 비율이 0 이상이면 공제율은 "11.5%에서 (12% − 증감 비율) × 0.25를 뺀 비율"입니다. 예를 들어 연구비가 3년 평균과 같으면(증감 0) 11.5% − 3% = 8.5%입니다. 증감 비율이 마이너스면 8.5%에서 줄어든 비율에 비례해 깎이고, 0 아래로는 내려가지 않습니다. 설립 사업연도이거나 비교시험연구비가 0이면 8.5%가 적용됩니다. 어느 경우든 산출된 비율이 10%를 넘으면 10%가 상한입니다.

참고로 2021년 4월 1일부터 2026년 3월 31일(令和8년 3월 31일)까지 개시한 사업연도에는 공제율 상한을 14%까지 올리는 특례(제2항)가 있었습니다. 2026년 4월 이후 개시 사업연도부터는 이 특례 기간이 지났으므로, 과거 자료의 14%를 그대로 쓰지 않도록 주의해야 합니다.

Q3. 일본, 세액공제 한도는 어떻게 걸리나요?

일본 일반형의 공제액은 "조정 전 법인세액의 100분의 25"를 넘을 수 없습니다. 같은 조 제3항에는 일정 요건을 충족하는 사업연도에 이 상한에 금액을 더하는 특례도 있지만, 요건이 세분돼 있어 개별 확인이 필요합니다.

대학·국가 연구기관 등과의 공동·위탁 연구에 쓰는 특별시험연구비(이른바 오픈이노베이션형, 제7항)는 별도로 계산합니다. 대학·국가 연구기관 등과의 공동·위탁 연구비는 30%, 혁신적인 공동·위탁 연구 등은 25%, 그 밖의 특별시험연구비는 20%를 곱하고, 이 합계액은 조정 전 법인세액의 10%를 한도로 합니다.

중소기업자에 해당하면 제4항에 따라 시험연구비의 12%(상한은 법인세액의 25%)를 공제하는 별도 트랙이 있는데, 한국 모회사의 지분 때문에 중소기업자에서 빠지는 경우가 많습니다. 이 판정은 같이 보면 좋은 글에서 자세히 다뤘습니다.

Q4. 한국 규정과 동일 조건으로 대조하면 무엇이 다른가요?

한국 「조세특례제한법」 제10조 제1항은 세 갈래입니다.

• 일반연구ㆍ인력개발비(제3호): 증가분 방식(직전 과세연도 초과액의 25%, 중견기업 40%, 중소기업 50%)과 당기분 방식(중소기업 25%, 중견기업 8%, 그 밖은 매출 대비 비율 × 2분의 1, 최대 2%) 중 선택합니다. 다만 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 없었거나 직전 과세연도 금액이 4년 연평균보다 적으면 당기분 방식만 씁니다.

• 신성장ㆍ원천기술연구개발비(제1호): 중소기업 30%, 그 밖 20%에 매출 대비 비율 가산(최대 10%).

• 국가전략기술연구개발비(제2호): 중소기업 40%, 그 밖 30%에 매출 대비 비율 가산(최대 10%). 제1호·제2호는 2029년 12월 31일(반도체 분야 국가전략기술은 2031년 12월 31일)까지 발생한 비용에 적용됩니다.

같은 조건으로 놓으면 차이가 분명합니다. 한국은 증가하지 않아도 당기분 방식으로 공제율이 보장되고, 일본은 증가율이 낮으면 공제율 자체가 내려갑니다. 또 일본은 공제액이 법인세액의 25%로 묶이는 반면, 한국은 납부할 세액이 없거나 최저한세에 걸려 공제받지 못한 금액을 「조세특례제한법」 제144조에 따라 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 과세연도로 이월합니다.

가정 사례

(가정) 한국 소프트웨어 기업 A사가 일본에 개발 자회사 B사를 설립해 3년째 운영 중입니다. B사는 중소기업자에 해당하지 않고, 올해 시험연구비는 1억 엔으로 직전 3년 평균과 같으며, 조정 전 법인세액은 2,000만 엔이라고 가정합니다.

• 공제율: 증감 비율이 0이므로 11.5% − (12% − 0%) × 0.25 = 8.5%입니다. 산출 공제액은 1억 엔 × 8.5% = 850만 엔입니다.

• 한도: 조정 전 법인세액 2,000만 엔의 25%인 500만 엔이 상한이므로, 실제 공제액은 500만 엔입니다.

• 적자인 해: 조정 전 법인세액이 0이면 한도도 0이어서 그 해에는 공제를 받지 못합니다.

같은 금액을 한국 중견기업 A사가 일반연구ㆍ인력개발비로 썼다면 당기분 방식으로 8%를 적용받고, 그 해에 공제받지 못한 금액은 10년간 이월할 수 있습니다. 연구 인력을 어느 법인에 둘지 정할 때 이런 세후 효과 차이를 숫자로 비교해야 합니다.

실무 체크포인트

1. 일본 자회사의 사업연도 개시일을 확인해 14% 특례 기간(2026년 3월 31일까지 개시)에 해당하는지 구분

2. 직전 3년 시험연구비를 사업연도별로 정리해 비교시험연구비와 증감 비율을 미리 계산

3. 일본 자회사가 중소기업자 트랙(12%)에 해당하는지, 일반형으로 가야 하는지 먼저 판정

4. 대학·연구기관과의 공동·위탁 연구는 특별시험연구비로 따로 집계

5. 일본 공제액 상한(법인세액 25%) 때문에 초기 적자 기간에는 공제 효과가 작다는 점을 사업계획에 반영

6. 한국 쪽은 일반·신성장·국가전략기술 비용을 구분경리하고, 이월공제 10년 관리표 작성

7. 연구 기능을 한국과 일본 중 어디에 둘지 이전가격(용역 대가)과 함께 검토

대표님/CFO가 특히 주의할 부분

• 일본 공제율은 "올해 얼마나 늘렸나"에 따라 매년 달라집니다. 연구비를 줄이는 해에는 공제율이 8.5%보다 더 내려갈 수 있습니다.

• 일본은 공제액이 법인세액에 묶여 있어 이익이 나기 전에는 효과가 제한적입니다. 설립 초기 일본 자회사의 R&D 세제 효과를 과대 계상하지 마십시오.

• 인터넷의 일본 공제율 자료 중에는 2026년 3월까지의 한시 특례(최대 14%)를 기준으로 쓴 것이 많습니다. 적용 사업연도를 먼저 확인해야 합니다.

• 한국 모회사의 연구비를 일본 자회사에 위탁하거나 반대로 받는 구조라면, 양국에서 같은 비용이 이중으로 공제되지 않도록 비용 귀속을 명확히 해야 합니다.

결론 및 전문가 Tip

한국과 일본의 연구개발 세액공제는 "얼마를 썼나"를 보는 한국식과 "얼마나 늘렸나·세금을 얼마나 냈나"를 보는 일본식으로 요약할 수 있습니다. 일본 자회사를 설립하기 전에는 ① 사업연도 개시일과 적용 조항, ② 직전 3년 평균 대비 증가 계획, ③ 법인세액 25% 상한이 실제로 걸리는 시점, 이 세 가지를 숫자로 확인하십시오. 연구 인력 배치와 위탁 구조를 함께 설계하면 양국 공제를 모두 놓치지 않을 수 있습니다.

창의회계법인 서비스 안내

창의회계법인은 일본 자회사 설립을 앞둔 기업의 연구개발 계획을 받아 한국 조특법 제10조와 일본 시험연구비 세액공제를 같은 조건으로 시뮬레이션하고, 연구 기능을 어느 법인에 둘 때 세후 효과가 큰지 비교해 드립니다. 구분경리와 이월공제 관리표 설계도 함께 지원합니다.

참고 출처 요약

• 국가법령정보센터, 「조세특례제한법」 제2조 제1항 제11호·제10조·제144조 — https://www.law.go.kr/법령/조세특례제한법 (2026-10-16 조회)

• 일본 e-Gov 法令検索, 「租税特別措置法」 제42조의4(試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除) — https://laws.e-gov.go.jp/law/332AC0000000026 (API 원문 2026-10-13 수집, 2026-10-16 확인)

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